"Construção de mapas físicos dos cromossomos do clone CL Brener de T. cruzi"

• Processo: 09/14693-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: José Franco da Silveira Filho
• Beneficiário: Andréa Midory Miyake
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 06/61450-0 - Estudos moleculares do Trypanosoma cruzi e de sua interação com células e fatores do hospedeiro in vitro e in vivo, AP.TEM
• Assunto(s): Clonagem Trypanosoma cruzi Biologia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bibliotecas genômicas | clonagem | Mapeamento físico de cromossomos | PFGE (pulsed field gel electrophoresis) | Trypanosoma cruzi | YAC (Yeast artificial chromosome) Cromossomo Artificial de Levedura | Biologia molecular

Resumo

A montagem final dos cromossomos de T. cruzi não tem sido possível devido ao grande número de sequências repetitivas presentes no genoma deste parasita (>50% do genoma). Até a presente data, nenhum cromossomo teve a sua sequência completa determinada. Propomos a construção de mapas físicos que servirão de plataforma para a montagem final dos cromossomos.A construção de mapas físicos será realizada pela combinação de duas metodologias:1) identificação de marcadores cromossomo-específicos por hibridização com as bandas cromossômicas do parasita separadas por eletroforese de campo pulsado (PFGE); 2) em seguida, identificação de megafragmentos genomicos de T. cruzi clonados em vetor YAC; 3) estabelecimento de contigs de YAC cobrindo um cromossomo específico.Está em andamento uma iniciativa do GeneDB TriTryp (http://tritrypdb.org/tritrypdb) visando agrupar as sequências de nucleotídeos geradas no Projeto Genoma de T. cruzi em cromossomos. Com esta abordagem será possível estabelecer a sequência parcial de alguns cromossomos. No projeto temático em curso conseguimos alocar alguns cromossomos obtidos in silico às bandas cromossômicas separadas por PFGE. Pretendemos utilizar a biblioteca de YAC (megafragmentos genomicos) de T. cruzi.A participação do bolsista TT-3 será na manutenção da biblioteca YAC, geração de filtros de média densidade e hibridização com sondas específicas. Também participará da separação das bandas cromossômicas do clone CL Brener por PFGE e hibridização com as sondas citadas.