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Definição da Sequência Linear dos Cromossomos XX e XVIII do clone CL Brener (Trypanosoma cruzi): integração dos mapas físico (contig de YACs) e genético (mapeamento de marcadores genéticos em bandas cromossômicas) com sequências de nucleotídeos

Processo: 09/11168-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de março de 2010
Vigência (Término): 31 de agosto de 2011
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
Pesquisador responsável:José Franco da Silveira Filho
Beneficiário:Danielle Rodrigues Cortez Maldonado
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Sintenia   Cromossomos   Evolução cromossômica   Genômica estrutural   Trypanosoma cruzi

Resumo

A montagem final dos cromossomos de T. cruzi é uma etapa fundamental para a construção de mapas genéticos do parasita e compreensão da genética deste parasita. Até a presente data, nenhum cromossomo teve a sequência linear completa determinada. Isto é devido ao grande número de sequências repetitivas presentes no genoma, cerca de 50% do DNA nuclear que impossibilita o alinhamento dos contigs de sequências dos cromossomo pelos programas de informática disponíveis.Recentemente, por iniciativa do GeneDB TriTryp (http://tritrypdb.org/tritrypdb) as sequências de nucleotídeos geradas no Projeto Genoma de T. cruzi estão sendo agrupadas em plataformas, definidas como "cromossomos". A maioria dos "cromossomos" montados in silico apresentam falhas consideráveis ("gaps") devido a presença de sequências repetitivas. Estas regiões não cobertas pelos clones BACs ("Bacterium Artificial Chromosome") usados nesta montagem.No presente projeto pretendemos alocar os "cromossomos" obtidos in silico às bandas cromossômicas separadas por PFGE e gerar mapas físicos dos cromossomos com contigs de YACs. A inclusão de mapa físico da banda cromossômica com YACs na nossa plataforma é importante para definir as regiões cromossômicas contendo sequências repetitivas que normalmente não estão sendo cobertas por BACs. Como resultado desta estratégia esperamos determinar a sequência linear completa de duas megabandas cromossômicas do clone CL Brener.