Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E as aplicações para estudar interação Proteína-Proteína, Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas

• Processo: 11/11193-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Ana Lígia Barbour Scott
• Beneficiário: Diego Enry Barreto Gomes
• Instituição Sede: Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 10/09306-7 - Desenvolvimento de metodologia para simular docking flexível com alterações específicas na estrutura primária e as aplicações dessa metodologia para estudar interação proteína-proteína, proteína-ligante e resistência de patógenos a drogas, AP.R
• Assunto(s): Modelagem molecular Interação proteína-proteína Simulação de acoplamento molecular Proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Docking | Interação proteína-proteína | modos normais | Proteinas | Modelagem Molecular

Resumo

A bolsa TT4/40 estará vinculada o auxílio regular solicitado que possuicomo principais objetivos: i) aprimorar a metodologia, denominada GANM; ii)desenvolver uma metodologia que combine Algoritmos Genéticos e DinâmicaMolecular com Modos Normais (NM) para estudar o docking proteína-proteína,a partir de uma população inicial de conformações geradas por meio de modosnormais, iii) flexibilizar o ligante, utilizando o GSA para gerar um conjunto deconformações mais prováveis para o mesmo; iii) desenvolver um módulo doGANM para estudar o efeito da seleção positiva (através de mutações dosresíduos) durante o docking proteína-ligante, o AG deverá permitir apermutação de elementos da estrutura primária da proteína alvo, iv) adaptara metodologia GANM para permitir que possa ser usada para realizar "virtualscreening". O plano de trabalho dessa bolsa define como objetivo principal: i)implementar e testar terceira versão da metodologia GANM,ii) aperfeiçoarmetodologia GANM e torná-la mais usável através de uma interfacegráfica/web.