Desenvolvimento de sistema baseado em PCR quantitativo (qPCR) para o diagnóstico do nematoide quarentenário A1 Pratylenchus crenatus

• Processo: 12/19101-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
• Pesquisador responsável: Claudio Marcelo Gonçalves de Oliveira
• Beneficiário: Claudio Marcelo Gonçalves de Oliveira
• Pesquisador Anfitrião: Vivian Carol Blok
• Instituição Sede: Instituto Biológico (IB). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: James Hutton Institute, Escócia
• Assunto(s): Nematoides Técnicas de diagnóstico molecular Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Diagnóstico Molecular | nematoides de importância quarentenária | nematoides parasitos de plantas | PCR quantitativo | Taxonomia | Nematologia de Plantas

Resumo

Detecções moleculares de pragas e patógenos em diferentes tipos de ambientes ou amostras, incluindo as etapas básicas de identificação e quantificação, dependem de métodos rápidos e seguros. Este projeto tem como objetivos o desenvolvimento e a avaliação de um novo método de diagnóstico qualitativo e quantitativo para o nematoide Pratylenchus crenatus Loof, 1960, considerado praga de importância quarentenária A1 para o Brasil, com base na técnica de PCR quantitativo (qPCR - TaqMan). Para tanto, um conjunto de primers/ sonda será desenvolvido a partir de sequências da região ITS-1 (rDNA). Os experimentos de validação serão aplicados utilizando-se DNA extraído de populações de P. crenatus provenientes do Reino Unido, Holanda e de população recentemente detectada no Brasil. Além disso, o conjunto primer/sonda será testado também para outras espécies de Pratylenchus, visando a avaliar sua especificidade. Reações com diluição seriada do DNA serão utilizadas para testar a sensibilidade da técnica ao nível fentograma. Será realizada, ainda, a quantificação do DNA em amostras provenientes de solo e tubérculos de batata. Ademais, será estudada a diversidade genética entre populações de P. crenatus baseando-se em técnicas moleculares e na análise filogenética. De maneira complementar a essa atividade principal, será realizado treinamento nas identificações de Globodera pallida e G. rostochiensis baseadas tanto na taxonomia clássica/ tradicional como nas técnicas moleculares mais avançadas; tais espécies de nematoides de cistos, extremamente prejudiciais à cultura da batata na Europa, constituem sérias ameaças caso venham a ser introduzidas no Brasil. Essas ferramentas de auxílio às identificações corretas e precisas de P. crenatus e das espécies citadas de Globodera serão de grande préstimo ao serviço de quarentena do Brasil, impedindo a infestação de áreas indenes com espécies de nematoides de difícil controle. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA, CLAUDIO M. G.; BLOK, VIVIAN; NEILSON, ROY; MROZ, TOMASZ; ROBERTS, DAVID. Hydrolysis probe-based PCR for detection of Pratylenchus crenatus, P. neglectus and P. penetrans. NEMATOLOGY, v. 19, n. 1, 1, p. 81-91, 2017. (12/19101-9)

OLIVEIRA, CLAUDIO M. G.; BLOK, VIVIAN; NEILSON, ROY; MROZ, TOMASZ; ROBERTS, DAVID. Hydrolysis probe-based PCR for detection of Pratylenchus crenatus, P. neglectus and P. penetrans. NEMATOLOGY, v. 19, n. 1, p. 11-pg., 2017-01-01. (12/19101-9)