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Desenvolvimento de sistema baseado em PCR quantitativo (qPCR) para o diagnóstico do nematoide quarentenário A1 Pratylenchus crenatus

Processo: 12/19101-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 01 de julho de 2013
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
Pesquisador responsável:Claudio Marcelo Gonçalves de Oliveira
Beneficiário:Claudio Marcelo Gonçalves de Oliveira
Anfitrião: Vivian Carol Blok
Instituição-sede: Instituto Biológico (IB). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Campinas , SP, Brasil
Local de pesquisa : James Hutton Institute, Escócia  
Assunto(s):Nematoides   Técnicas de diagnóstico molecular   Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)

Resumo

Detecções moleculares de pragas e patógenos em diferentes tipos de ambientes ou amostras, incluindo as etapas básicas de identificação e quantificação, dependem de métodos rápidos e seguros. Este projeto tem como objetivos o desenvolvimento e a avaliação de um novo método de diagnóstico qualitativo e quantitativo para o nematoide Pratylenchus crenatus Loof, 1960, considerado praga de importância quarentenária A1 para o Brasil, com base na técnica de PCR quantitativo (qPCR - TaqMan). Para tanto, um conjunto de primers/ sonda será desenvolvido a partir de sequências da região ITS-1 (rDNA). Os experimentos de validação serão aplicados utilizando-se DNA extraído de populações de P. crenatus provenientes do Reino Unido, Holanda e de população recentemente detectada no Brasil. Além disso, o conjunto primer/sonda será testado também para outras espécies de Pratylenchus, visando a avaliar sua especificidade. Reações com diluição seriada do DNA serão utilizadas para testar a sensibilidade da técnica ao nível fentograma. Será realizada, ainda, a quantificação do DNA em amostras provenientes de solo e tubérculos de batata. Ademais, será estudada a diversidade genética entre populações de P. crenatus baseando-se em técnicas moleculares e na análise filogenética. De maneira complementar a essa atividade principal, será realizado treinamento nas identificações de Globodera pallida e G. rostochiensis baseadas tanto na taxonomia clássica/ tradicional como nas técnicas moleculares mais avançadas; tais espécies de nematoides de cistos, extremamente prejudiciais à cultura da batata na Europa, constituem sérias ameaças caso venham a ser introduzidas no Brasil. Essas ferramentas de auxílio às identificações corretas e precisas de P. crenatus e das espécies citadas de Globodera serão de grande préstimo ao serviço de quarentena do Brasil, impedindo a infestação de áreas indenes com espécies de nematoides de difícil controle. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA, CLAUDIO M. G.; BLOK, VIVIAN; NEILSON, ROY; MROZ, TOMASZ; ROBERTS, DAVID. Hydrolysis probe-based PCR for detection of Pratylenchus crenatus, P. neglectus and P. penetrans. NEMATOLOGY, v. 19, n. 1, 1, p. 81-91, 2017. Citações Web of Science: 4.

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