Mapeamento estrutural do transcritoma da Archaea Halófila Halobacterium salinarum NRC-1 utilizando metodologias de footprinting

• Processo: 12/13520-0
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de janeiro de 2013
• Vigência (Término): 31 de dezembro de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: José Vicente Gomes Filho
• Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil

Resumo

Um dos pilares centrais nos processos de expressão gênica, o RNA apresenta diversas conformações tridimensionais que estão diretamente relacionadas a suas funções informacionais, catalíticas e regulatórias. Porém, as informações estruturais relacionadas a esta classe de moléculas ainda são limitadas. O crescente relato de novos RNAs não-codificantes de função ainda desconhecida demanda a identificação de seus alvos e mecanismos de ação, no qual o conhecimento sobre a estrutura é um aspecto chave. Neste projeto, propõe-se o mapeamento estrutural do transcritoma de H.salinarum NRC-1. Este organismo tem se mostrado um interessante modelo para estudos de regulação gênica e a recente descoberta de diversos ncRNAs indica a importância do estudo dessas moléculas do ponto de vista estrutural e funcional. Para mapear a sua estrutura, utilizaremos a metodologia de footprinting que consiste em mensurar a reatividade das bases presentes em uma molécula de RNA a diversos agentes químicos ou enzimáticos e, através das reatividades relativas, características estruturais podem ser deduzidas. Serão testadas as metodologias de footprinting baseadas em hidrólise por radicais hidroxila, modificação por DMS e tratamentos com nucleases. Para o mapeamento em larga escala, utilizaremos a metodologia Parallel Analysis of RNA structures (PARS) que consiste em footprinting enzimático seguido de sequenciamento em larga escala, o que permite a análise de milhares de RNAs simultaneamente. Os resultados experimentais serão comparados com predições in silico. Desta forma pretende-se contribuir para a resolução da estrutura de RNAs não-codificantes presentes na Archaea halófila Halobacterium salinarum - NRC-1 visando futuros estudos mecanísticos e funcionais.