Vetores de sufixo e montagem de genomas

• Processo: 13/01752-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
• Pesquisador responsável: Cristina Dutra de Aguiar
• Beneficiário: Felipe Alves da Louza
• Supervisor: Steve Hoffmann
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Leipzig University, Alemanha
• Vinculado à bolsa: 11/15423-9 - Proposta de um índice biológico persistente baseado em vetores de sufixo generalizados, BP.MS
• Assunto(s): Banco de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Eulimnogrammarus verrucosus genome | Genome assembly | String Graph | Suffix Arrays | Banco de Dados

Resumo

O projeto de mestrado conduzido pelo candidato trata algoritmos de construção e consulta em vetores de sufixo em memória externa. Vetores de sufixo tem sido utilizado em diferentes problemas de bioinformática. Recentemente Simpson e Durbin (2012) propuseram o uso de vetores de sufixo para montagem de genomas. Entretanto, a quantidade de memória interna exigida pelos algoritmos propostos impede o seu uso em grandes bases de dados. O objetivo deste projeto de intercâmbio é investigar a montagem de genomas utilizando vetores de sufixo em memória externa, com foco em como encontrar e tratar eficientemente regiões repetidas no genoma. (AU)