Estudo das interações moleculares entre Tioredoxinas /Tioredoxinas Redutase e inibidores/moduladores alostéricos e caracterização das interações moleculares presentes no sistema Trx

• Processo: 13/13922-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Ana Lígia Barbour Scott
• Beneficiário: Denis Lucas Silva
• Instituição Sede: Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/11857-4 - Estudo das interações moleculares entre tioredoxinas/tioredoxinas redutase e inibidores/moduladores alostéricos e caracterização das interações moleculares presentes no sistema Trx, AP.R
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Simulação de acoplamento molecular Modelagem molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Docking | Modelagem molecular | modos normais | Tioredoxina | Modelagem Molecular

Resumo

Os principais objetivos do plano de trabalho para a bolsa TT3 são:1. Criar modelos, teóricos, para as Trx e TrxR através de modelagem porhomologia, threading e dinâmica molecular, quando necessário.2. Calcular os modos normais, de baixa frequência, da Trx (Trx1,Trx2) e TrxR (TrxR1). Selecionar os MNs mais significativos e gerar a estruturas da Trx e TrxR a partir dos modos normais, analisando a flexibilidade dessas moléculas.3. Simular o docking flexível (usando estruturas obtidas no passo 4) da TrxR com cofatores (NADPH/NADP+, FAD) inibidores/moduladores alostéricos .Os passos de 1 a 3 serão desenvolvidos utilizando ferramentas/software já existentes econsolidados no mundo científico e acadêmico e a metodologia/programa, GANM, desenvolvida pelo nosso grupo de pesquisa. As simulações de dinâmica molecular serãorealizadas utilizando o Gromacs e/ou CHARMM e a simulações de docking proteína-liganteserão realizadas utilizando o Autodock, Hex e o Vina Autodock e GANM. Em relação ao passo2 utilizaremos o módulo do CHARMM para calcular os módulos normais.Atividades a serem desenvolvidas pelo bolsistas Denis SilvaOs passos 1 e 2 já foram realizados pela Valderes do Conto que teve essa bolsa no período de 11/2011 a 08/2012. O bolsista Denis Silva estará auxiliando no passo 3 referente as simulações de docking e virtual screening da TrxR com inibidores e ligantes naturais. Além disso o bolsista Denis Silva cuidará da configuração e gerenciamento do nosso cluster Pauling que é utilizado para as simulações do projeto.