Biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa: exploração por sequenciamento de BAC-ends e sequenciamento de BACs candidatos

• Processo: 13/11196-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Carla de Freitas Munhoz
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/00767-8 - Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis: triagem de BACs e sequenciamento por PacBio, BE.EP.PD
• Assunto(s): Passiflora Biologia computacional Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: BAC-end | Biblioteca de BAC | bioinformática | Genômica | Mapeamento genômico comparativo | Passiflora | Genética Vegetal

Resumo

O maracujá azedo (Passiflora edulis f. flavicarpa) é uma frutífera de importância econômica no Brasil, sendo apreciado para a produção de suco concentrado e para o consumo in natura, além de ser usado pela indústria farmacêutica na extração da passiflorina. Nosso grupo de pesquisa tem trabalhado no sentido de gerar um corpo de conhecimentos teóricos sobre as espécies comerciais de Passiflora, investigando populações segregantes para construir mapas de ligação e mapear locos quantitativos com base na sua caracterização fenotípica e molecular. Entretanto, pouco se sabe sobre a composição e a organização genômica do maracujá azedo. Recentemente, em colaboração com o INRA de Toulouse, França, providenciamos a construção de uma biblioteca genômica de P. edulis f. flavicarpa inserida em BACs (Ped-B-Flav). Esta biblioteca contém 82.944 clones, dando uma cobertura de aproximadamente 6 X o genoma da espécie. Como via para ampliar o conhecimento existente sobre a espécie, neste trabalho, pretende-se dar continuidade ao sequenciamento de BAC-ends e ao mapeamento genômico comparativo, como também realizar o sequenciamento completo de BACs candidatos, objetivando lançar luz sobre esse genoma ainda obscuro: assim, será possível identificar um grande número de regiões codificadoras de proteínas, candidatos a marcadores moleculares inéditos e elementos transponíveis, além de se ter ideia da sua organização. Em trabalho anterior recente, foram identificados BACs candidatos para sequenciamento completo devido a sua colinearidade com trechos dos genomas de Arabidopsis thaliana, Populus trichocarpa e Vitis vinifera. Espera-se com este estudo dar um grande salto em relação ao que se conhece sobre o genoma das passifloras, e, também, disponibilizar, à comunidade científica, ferramentas que facilitem o desenvolvimento de novos estudos teóricos e aplicados ao melhoramento da cultura.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MUNHOZ, CARLA FREITAS; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; EGOAVIL REATEGUI, ALINA CARMEN; RODDE, NATHALIE; CAUET, STEPHANE; DORNELAS, MARCELO CARNIER; LEROY, PHILIPPE; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; BERGES, HELENE; et al. A gene-rich fraction analysis of the Passiflora edulis genome reveals highly conserved microsyntenic regions with two related Malpighiales species. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, AUG 29 2018. (17/04216-9, 14/25215-2, 13/11196-3)