Analise e Desenvolvimento de Protocolos em Bioinformatica para Estudos de Epigenetica

• Processo: 13/24801-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Iscia Teresinha Lopes Cendes
• Beneficiário: Wélliton de Souza
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Médicas (FCM). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/50680-2 - Investigação multimodal da epileptogênese com ênfase na incorporação de novos modelos e novas ferramentas, AP.TEM
• Assunto(s): Epilepsia Biologia computacional Epigenômica Epigênese genética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | epigenética | epilepsia | Bioinformática

Resumo

As variações que ocorrem durante a divisão celular e modificam a expressão gênica sem alterar a sequência de DNA associada àquela região são denominadas modificações epigenéticas. Elas estão envolvidas no silenciamento de genes, diferenciação de tecidos e, eventualmente, nos mecanismos moleculares responsáveis por uma série de fenótipos. A metilação de DNA, uma modificação epigenética que altera a cromatina, tem sido estudada extensivamente em vários processos biológicos normais e patológicos. Com o avanço das tecnologias e protocolos para sequenciamento de DNA, hoje é possível realizar análises para determinação de perfis de metilação e suas associações com fenótipos de interesse. Desta maneira, o objetivo deste projeto é adicionar a perspectiva analítica da epigenética associada aos estudos de modelos animais de epilepsia já em andamento. Para tanto, dados de DNA tratado por bissulfito serão analisados de acordo com técnicas correntes de estatística e protocolos atualizados de bioinformática. Desta forma, perfis de metilação serão determinados e associados aos fenótipos de epilepsia dos animais estudados, o que também permitirá a identificação de oportunidades para o desenvolvimento de novas ferramentas, de acordo com as necessidades experimentais do momento.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SOUZA, WELLITON; CARVALHO, BENILTON DE SA; LOPES-CENDES, ISCIA. Rqc: A Bioconductor Package for Quality Control of High-Throughput Sequencing Data. JOURNAL OF STATISTICAL SOFTWARE, v. 87, n. CN2, p. 1-14, NOV 2018. (13/24801-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SOUZA, Wélliton de. Análise e desenvolvimento de protocolos em bioinformática para estudos de epigenética. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências Médicas Campinas, SP.