Desenvolvimento de infraestrutura e ferramentas integradas ao projeto SUCEST-FUN, para montagem e anotação do genoma da cana-de-açúcar

• Processo: 14/17877-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: FAPEMIG
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Marcos Labriola
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52146-0 - Sugarcane signaling and regulatory networks, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Genomas Transcriptoma Biologia computacional Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cana-de-açúcar | Gbrowse | Genoma | scaffold | sequenciamento | Transcriptoma | Bioinformática

Resumo

O projeto temático tem como objetivo principal os estudos da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. O sequenciamento e estudo do genoma da cana-de-açúcar são essenciais para tal entendimento. Devido à grande complexidade do genoma da cana, com centenas de cópias cromossômicas, é importante o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para a anotação do genoma da cana-de-açúcar com identificação de genes, de regiões promotoras e predição de motivos regulatórios. Utilizando ferramentas adequadas será possível comparar o genoma de cana-de-açúcar com de outras gramíneas como arroz, sorgo e milho. Com o genoma da cana serão possíveis estudos de variação alélica, identificação de genes parálogos e ortólogos entre outras gramíneas, e suporte para experimentos como ChIP-Seq, associando fatores de transcrição e genes, além da identificação de microsatélites. O sequenciamento do genoma da cana está sendo realizado nas plataformas 454 da Roche, HiSeq da Illumina e mais recentemente Moleculo, além de termos dados de RNA-Seq Ion Torrent PGM. O grande volume de dados, somado ao alto grau de complexidade do genoma, exige o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para produzir e sempre atualizar montagens de qualidade, realizar a anotação do genoma da cana e tudo deve estar agregado em uma plataforma de análises compostas por bancos de dados, interfaces web e ferramentas de prospecção dos dados. (AU)