Tratamento Bioinformático em Larga Escala de Sequências de Cana de Açúcar

• Processo: 14/17034-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2014
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Lucas Mitsuo Taniguti
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação de genes | BioEn | Cana de Açúcar | montagem genoma | Bioinformatica

Resumo

As pesquisas com cana-de-açúcar podem se beneficiar das novas tecnologias de seqüenciamento em larga escala de DNA. Neste contexto, surgem desafios novos na área de Bioinformática: (1) processar centenas de milhões de sequências produzidas em uma única corrida do sequenciador Plataforma 454, (2) alinhar sequências de tamanho reduzido (menor do que 100 pares de bases - tamanho típico de leituras realizadas por sequenciadores de nova geração - problema tecnicamente difícil em Bioinformática), (3) anotar as sequências alinhadas e (4) disponibilizar de forma organizada toda a informação produzida. O bolsista estará envolvido com estes desafios, que estão relacionados com os objetivos do projeto temático no qual se insere esta proposta. As atividades serão desenvolvidas junto ao grupo coordenado pela Dra Claudia Monteiro-Vitorello.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SCHAKER, PATRICIA D. C.; PALHARES, ALESSANDRA C.; TANIGUTI, LUCAS M.; PETERS, LEILA P.; CRESTE, SILVANA; AITKEN, KAREN S.; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; KITAJIMA, JOAO P.; VIEIRA, MARIA L. C.; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA B.. RNAseq Transcriptional Profiling following Whip Development in Sugarcane Smut Disease. PLoS One, v. 11, n. 9, SEP 1 2016. (10/05591-9, 15/07112-4, 12/09524-0, 14/17034-8, 13/25599-2)

TANIGUTI, LUCAS M.; SCHAKER, PATRICIA D. C.; BENEVENUTO, JULIANA; PETERS, LEILA P.; CARVALHO, GISELLE; PALHARES, ALESSANDRA; QUECINE, MARIA C.; NUNES, FILIPE R. S.; KMIT, MARIA C. P.; WAI, ALVAN; et al. Complete Genome Sequence of Sporisorium scitamineum and Biotrophic Interaction Transcriptome with Sugarcane. PLoS One, v. 10, n. 6, JUN 12 2015. (10/05591-9, 08/52074-0, 12/09524-0, 13/15014-7, 14/17034-8, 14/21802-0, 13/25599-2)