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Tratamento bioinformático em larga escala de sequências de cana de açúcar

Processo: 14/17034-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de novembro de 2014
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2014
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Lucas Mitsuo Taniguti
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Biologia computacional

Resumo

As pesquisas com cana-de-açúcar podem se beneficiar das novas tecnologias de seqüenciamento em larga escala de DNA. Neste contexto, surgem desafios novos na área de Bioinformática: (1) processar centenas de milhões de sequências produzidas em uma única corrida do sequenciador Plataforma 454, (2) alinhar sequências de tamanho reduzido (menor do que 100 pares de bases - tamanho típico de leituras realizadas por sequenciadores de nova geração - problema tecnicamente difícil em Bioinformática), (3) anotar as sequências alinhadas e (4) disponibilizar de forma organizada toda a informação produzida. O bolsista estará envolvido com estes desafios, que estão relacionados com os objetivos do projeto temático no qual se insere esta proposta. As atividades serão desenvolvidas junto ao grupo coordenado pela Dra Claudia Monteiro-Vitorello.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SCHAKER, PATRICIA D. C.; PALHARES, ALESSANDRA C.; TANIGUTI, LUCAS M.; PETERS, LEILA P.; CRESTE, SILVANA; AITKEN, KAREN S.; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; KITAJIMA, JOAO P.; VIEIRA, MARIA L. C.; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA B. RNAseq Transcriptional Profiling following Whip Development in Sugarcane Smut Disease. PLoS One, v. 11, n. 9 SEP 1 2016. Citações Web of Science: 9.
TANIGUTI, LUCAS M.; SCHAKER, PATRICIA D. C.; BENEVENUTO, JULIANA; PETERS, LEILA P.; CARVALHO, GISELLE; PALHARES, ALESSANDRA; QUECINE, MARIA C.; NUNES, FILIPE R. S.; KMIT, MARIA C. P.; WAI, ALVAN; HAUSNER, GEORG; AITKEN, KAREN S.; BERKMAN, PAUL J.; FRASER, JAMES A.; MOOLHUIJZEN, PAULA M.; COUTINHO, LUIZ L.; CRESTE, SILVANA; VIEIRA, MARIA L. C.; KITAJIMA, JOAO P.; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA B. Complete Genome Sequence of Sporisorium scitamineum and Biotrophic Interaction Transcriptome with Sugarcane. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 12 2015. Citações Web of Science: 38.

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