Testes de novos primers para amplificação do gene rbcL em Chlorophyta

• Processo: 15/19263-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Armando Augusto Henriques Vieira
• Beneficiário: Nathan Eugeni Andolfato
• Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/50054-4 - Biodiversidade de microalgas de água doce: banco de germoplasma e obtenção de marcadores moleculares das espécies criopreservadas, AP.BTA.TEM
• Assunto(s): Água doce Chlorophyta Amplificação de genes Primers do DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Água doce | Algas verdes | Chlorophyta | Primers | rbcL | Barcode em algas Chlorophyta

Resumo

O gene rbcL tem sido amplamente utilizado para filogenia de algas verdes, além de ser um dos marcadores potenciais para DNA barcoding nessas algas. No entanto, para a amplificação completa do rbcL muitos trabalhos utilizam combinações de vários primers, e mesmo para fragmentos do gene, falhas nas amplificações podem ocorrer devido à presença de íntrons. A partir de sequências de rbcL obtidas no Genbank e de sequências obtidas em outros trabalhos dentro do projeto temático, foram desenhados primers degenerados de modo a aumentar a cobertura/universalidade dos marcadores e evitar regiões com íntrons (regiões a serem testadas como DNA-barcoding) ou para facilitar amplificação dos íntrons e, consequente, a obtenção do gene completo (para análises filogenéticas). O objetivo deste projeto será testar 7 novos primers, além de um par de primers já descrito na literatura, em microalgas de 3 classes de Chlorophyta. Além disso, após a escolha dos primers com maior universalidade dentro do grupo, pretende-se testá-los em outras microalgas da família Selenastraceae (Chlorophyceae, Chlorophyta) para obtenção de sequências que auxiliarão nos projetos de filogenia e DNA barcoding já em andamento no projeto temático. (AU)