Busca avançada
Ano de início
Entree

Enumerando histórias metabólicas multidimensionais: modelos e métodos

Processo: 15/13430-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2016
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
Pesquisador responsável:Roberto Marcondes Cesar Junior
Beneficiário:Ricardo Luiz de Andrade Abrantes
Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50761-2 - Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):17/05986-2 - Histórias metabólicas a partir de dados de transcriptômica, BE.EP.PD
Assunto(s):Simbiose   Biologia computacional   Big data

Resumo

Nos últimos anos, graças aos avanços nas tecnologias de sequenciamento, espectrometria, espectroscopia, entre outros, uma quantidade massiva de dados passou a estar disponível para a análise de fenômenos biológicos. Porém a aquisição destes tem gerado muito mais dados do que os cientistas podem analisar. Tais dados são também complexos, imprecisos e geralmente parciais, ou seja, cobrem apenas alguns aspectos de alguns subsistemas que deseja-se estudar. Portanto, inferir algo a respeito dos mesmos pode ser uma tarefa extremamente complexa. Além disso, muitos dos métodos existentes supõem exatidão nos dados de origem, o que dificulta a aplicabilidade real dos mesmos.Considerando a crescente disponibilidade de dados de ômica, foi proposto recentemente por Acuna et al. [Acuna2012], um método que permite uma melhor compreensão de dados de metabolômica. Tal método pode ser utilizado para compreender como organismos reagem a situações de stress ou mesmo como se estabelecem algumas relações de simbiose entre organismos. O método procura organizar os dados de metabolômica em histórias metabólicas. Uma história corresponde a um possível fluxo de matéria entre os compostos medidos que explique suas variações. Neste projeto, desejamos desenvolver uma extensão do método proposto em [Acuna2012] considerando a estequiometria das reações. Desejamos também considerar dados de fluxômica e proteômica em conjunto com os dados de metabolômica. Dessa forma o problema a ser tratado passa a ser o de identificar histórias metabólicas que expliquem os dados de metabolômica, fluxômica e proteômica conjuntamente. (AU)