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Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias

Processo: 11/50761-2
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 30 de setembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
Convênio/Acordo: CNPq - Pronex
Pesquisador responsável:Roberto Marcondes Cesar Junior
Beneficiário:Roberto Marcondes Cesar Junior
Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Carlos Alberto Moreira Filho ; Claudia Maria Bauzer Medeiros ; Luciano da Fontoura Costa
Auxílios(s) vinculado(s):14/50769-1 - Hand tracking for occupational therapy, AP.R SPRINT
15/05953-1 - ISMM 2015 - 12th International Symposium on Mathematical Morphology, AR.EXT
14/50135-2 - Learning salient elements from videos using structural and temporal information, AP.R
 + mais auxílios vinculados 13/25918-0 - Visita do prof. Dr. Stéphane Canu ao IME-USP, AV.EXT
13/03535-2 - 11th International Symposium on Mathematical Morphology (ISMM 2013), AR.EXT
12/50986-7 - Graph spectra and complex network evolution, AP.R
12/08637-5 - Visita da Profa. Dr. Florence Tupin ao IME-USP, AV.EXT - menos auxílios vinculados
Bolsa(s) vinculada(s):16/13791-4 - Um arcabouço para análise e rastreamento de gestos de mão: casos com formas e movimentos não usuais, BP.DR
15/13430-9 - Enumerando histórias metabólicas multidimensionais: modelos e métodos, BP.PD
15/18942-8 - Associando Redes Complexas com Espaços Efetivos de Atributos, BP.PD
 + mais bolsas vinculadas 15/18117-7 - Método para amostragem de experiências e intervenção programada (ESPIM), BP.PD
15/08003-4 - Abordagem de redes complexas em e-Science e dados dinâmicos, BP.PD
15/07252-0 - Documentos interativos para coleta especializada de experiências do cotidiano: operações para autoria, compartilhamento e análise, BP.DR
15/11693-2 - Programa de atividades e justificativa para bolsa de treinamento técnico V: gerente dos projetos de software livre ligados ao projeto temático, BP.TT
14/24918-0 - Deep learning fracamente supervisionado para detecção de faces e atributos de pessoas, BP.DR
15/03475-5 - Olhando para a cidade: big data e visão computacional para análise de ambientes urbanos, BP.IC
14/06549-7 - Programa de atividades e justificativa para bolsa de treinamento técnico V: gerente dos projetos de software livre ligados ao projeto temático, BP.TT
13/00613-2 - Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias, BP.TT
12/19164-0 - Proposta de uma metodologia quantitativa de análise do jogo em esportes coletivos de invasão baseada em um modelo formal de estratégia: aplicação ao basquetebol e ao futebol, BP.PD
12/16072-8 - Gerente dos projetos de software livre ligados ao projeto temático, BP.TT - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Banco de dados  Biologia computacional  Mineração de dados  Reconhecimento de padrões 

Resumo

A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Universidades podem contribuir para tornar São Paulo uma cidade inteligente 
Una investigación ayuda a entender la regulación del crecimiento de las neuronas 
Estudo ajuda a entender como o crescimento dos neurônios é regulado 
Caracterizan en un estudio la desregulación genómica en el timo de niños con Down 
Pesquisadores caracterizam desregulação genômica no timo de crianças com Down 
Sistemas computacionales podrán interpretar imágenes de videos 
Sistemas computacionais poderão interpretar imagens de vídeos 
El uso de la bioinformática en el estudio de enfermedades complejas 
O uso da bioinformática no estudo de doenças complexas 
Cientistas desenvolvem simulador de mídias sociais 
Em busca de alvos terapêuticos, cientistas mapeiam rede de interação gênica 
Células “mães” se sacrificam por “filhas” 
Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
El código Voynich 
El código Voynich 
O código Voynich 
Pesquisadores revelam a relação entre células 'mães' e 'filhas' 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (2 total):
UOL: Resposta imune ajuda a identificar bactéria que causa problema renal (06/Out/2019)
Brasil CT&I: Resposta imune ajuda a identificar bactéria que causa problema renal (07/Out/2019)

Publicações científicas (100)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CERIBELI, CAROLINE; FERRAZ DE ARRUDA, HENRIQUE; DA FONTOURA COSTA, LUCIANO. How coupled are capillary electrophoresis and mass spectrometry?. SCIENTOMETRICS, MAR 2021. Citações Web of Science: 0.
OUELLETTE, JULIE; TOUSSAY, XAVIER; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.; HO, MIRABELLE; LACALLE-AURIOLES, MARIA; FREITAS-ANDRADE, MOISES; LIU, QING YAN; LECLERC, SONIA; PAN, YOULIAN; LIU, ZIYING; THIBODEAU, JEAN-FRANCOIS; YIN, MELISSA; CARRIER, MICAEL; MORSE, CAMERON J.; VAN DYKEN, PETER; BERGIN, CHRISTOPHER J.; BAILLET, SYLVAIN; KENNEDY, CHRISTOPHER R.; TREMBLAY, MARIE-EVE; BENOIT, YANNICK D.; STANFORD, WILLIAM L.; BURGER, DYLAN; STEWART, DUNCAN J.; LACOSTE, BAPTISTE. Vascular contributions to 16p11.2 deletion autism syndrome modeled in mice. NATURE NEUROSCIENCE, v. 23, n. 9 JUL 2020. Citações Web of Science: 0.
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DIAS PEDRO, RICARDO WANDRE; MACHADO-LIMA, ARIANE; NUNES, FATIMA L. S. Towards an approach using grammars for automatic classification of masses in mammograms. COMPUTATIONAL INTELLIGENCE, APR 2020. Citações Web of Science: 0.
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BENATTI, ALEXANDRE; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; SILVA, FILIPI NASCIMENTO; COMIN, CESAR HENRIQUE; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Opinion diversity and social bubbles in adaptive Sznajd networks. JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT, v. 2020, n. 2 FEB 2020. Citações Web of Science: 0.
SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA; TEN-CATEN, FELIPE; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO; ANDRADE, PABLO DE MORAIS; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; PANDYA, RAVI; KIM, CHANGSOO; GUO, HUI; DURHAM, ALAN MITCHELL; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; ZHANG, QING; MING, RAY; SCHATZ, MICHAEL C.; DAVIDSON, BOB; PATERSON, ANDREW H.; HECKERMAN, DAVID. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12 DEC 2019. Citações Web of Science: 3.
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DE ARRUDA, HENRIQUE F.; MARINHO, VANESSA Q.; COSTA, LUCIANO DA F.; AMANCIO, DIEGO R. Paragraph-based representation of texts: A complex networks approach. INFORMATION PROCESSING & MANAGEMENT, v. 56, n. 3, p. 479-494, MAY 2019. Citações Web of Science: 1.
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LIMA, WANIA REZENDE; MARTINS, DAVID CORREA; PARREIRA, KLEBER SIMONIO; SCARPELLI, PEDRO; DE MORAES, MIRIAM SANTOS; TOPALIS, PANTELIS; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO; GARCIA, CELIA R. S. Genome-wide analysis of the human malaria parasite Plasmodium falciparum transcription factor PfNF-YB shows interaction with a CCAAT motif. ONCOTARGET, v. 8, n. 69, p. 113987-114001, DEC 26 2017. Citações Web of Science: 1.
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RODRIGUES, VALQUIRIA DA CRUZ; COMIN, CESAR H.; SOARES, JULIANA COATRINI; SOARES, ANDREY COATRINI; MELENDEZ, MATIAS ELISEO; FREGNANI, JOSE HUMBERTO T. G.; CARVALHO, ANDRE LOPES; COSTA, LUCIANO DA F.; OLIVEIRA, JR., OSVALDO N. Analysis of Scanning Electron Microscopy Images To Investigate Adsorption Processes Responsible for Detection of Cancer Biomarkers. ACS APPLIED MATERIALS & INTERFACES, v. 9, n. 7, p. 5885-5890, FEB 22 2017. Citações Web of Science: 4.
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