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| Autor(es): Mostrar menos - |
Souza, Glaucia Mendes
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Van Sluys, Marie-Anne
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Lembke, Carolina Gimiliani
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Lee, Hayan
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Margarido, Gabriel Rodrigues Alves
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Hotta, Carlos Takeshi
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Gaiarsa, Jonas Weissmann
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Diniz, Augusto Lima
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Oliveira, Mauro de Medeiros
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Ferreira, Savio de Siqueira
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Nishiyama, Milton Yutaka
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ten-Caten, Felipe
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Ragagnin, Geovani Tolfo
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Andrade, Pablo de Morais
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de Souza, Robson Francisco
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Nicastro, Gianlucca Goncalves
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Pandya, Ravi
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Kim, Changsoo
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Guo, Hui
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Durham, Alan Mitchell
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Carneiro, Monalisa Sampaio
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Zhang, Jisen
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Zhang, Xingtan
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Zhang, Qing
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Ming, Ray
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Schatz, Michael C.
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Davidson, Bob
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Paterson, Andrew H.
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Heckerman, David
Número total de Autores: 29
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | GIGASCIENCE; v. 8, n. 12, p. 18-pg., 2019-12-01. |
| Resumo | |
Background: Sugarcane cultivars are polyploid interspecific hybrids of giant genomes, typically with 10-13 sets of chromosomes from 2 Saccharum species. The ploidy, hybridity, and size of the genome, estimated to have >10 Gb, pose a challenge for sequencing. Results: Here we present a gene space assembly of SP80-3280, including 373,869 putative genes and their potential regulatory regions. The alignment of single-copy genes in diploid grasses to the putative genes indicates that we could resolve 2-6 (up to 15) putative homo(eo)logs that are 99.1% identical within their coding sequences. Dissimilarities increase in their regulatory regions, and gene promoter analysis shows differences in regulatory elements within gene families that are expressed in a species-specific manner. We exemplify these differences for sucrose synthase (SuSy) and phenylalanine ammonia-lyase (PAL), 2 gene families central to carbon partitioning. SP80-3280 has particular regulatory elements involved in sucrose synthesis not found in the ancestor Saccharum spontaneum. PAL regulatory elements are found in co-expressed genes related to fiber synthesis within gene networks defined during plant growth and maturation. Comparison with sorghum reveals predominantly bi-allelic variations in sugarcane, consistent with the formation of 2 "subgenomes" after their divergence similar to 3.8-4.6 million years ago and reveals single-nucleotide variants that may underlie their differences. Conclusions: This assembly represents a large step towards a whole-genome assembly of a commercial sugarcane cultivar. It includes a rich diversity of genes and homo(eo)logous resolution for a representative fraction of the gene space, relevant to improve biomass and food production. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 14/50921-8 - Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia |
| Beneficiário: | Glaucia Mendes Souza |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático |
| Processo FAPESP: | 17/02842-0 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN |
| Beneficiário: | Felipe ten Caten |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function |
| Beneficiário: | Marie-Anne Van Sluys |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático |
| Processo FAPESP: | 15/22993-7 - Transcriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar |
| Beneficiário: | Gabriel Rodrigues Alves Margarido |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Jovens Pesquisadores |
| Processo FAPESP: | 08/52146-0 - Sugarcane signaling and regulatory networks |
| Beneficiário: | Glaucia Mendes Souza |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático |
| Processo FAPESP: | 13/18322-4 - Anotação de 1000 clones BAC do genoma da cana de açúcar: banco de dados, integração e interface web. |
| Beneficiário: | Jonas Weissmann Gaiarsa |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 12/51062-3 - Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliplóide de cana-de-açúcar |
| Beneficiário: | Glaucia Mendes Souza |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - PITE |
| Processo FAPESP: | 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular |
| Beneficiário: | Hugo Aguirre Armelin |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 17/02270-6 - Avaliação do transcriptoma de progênies contrastantes para o acúmulo de biomassa e identificação de redes de regulação |
| Beneficiário: | Augusto Lima Diniz |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 11/50761-2 - Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias |
| Beneficiário: | Roberto Marcondes Cesar Junior |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Temático |
| Processo FAPESP: | 13/23048-9 - Análise funcional de promotores de cana-de-açúcar e sua variação alélica |
| Beneficiário: | Sávio de Siqueira Ferreira |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 16/06917-1 - Análise do transcriptoma e construção de redes de co-expressão em sistemas modelo para identificação de genes envolvidos na deposição de parede celular secundária e no metabolismo de lignina em gramíneas |
| Beneficiário: | Sávio de Siqueira Ferreira |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 15/15346-5 - Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas |
| Beneficiário: | Jonas Weissmann Gaiarsa |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar |
| Beneficiário: | Marie-Anne Van Sluys |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático |