Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN

• Processo: 17/02842-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2019
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Felipe ten Caten
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/50921-8 - Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Genomas Biologia computacional Aplicação web
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | cana-de-açúcar | Cana-energia | redes regulatórias | Bioinformática

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. O laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP contribui para a Biologia de Sistemas da cana-de-açúcar e para isso analisa e disponibiliza resultados obtidos no sequenciamento do genoma, análise do transcriptoma e metaboloma dessa gramínea. Além da utilização de ferramentas e disponibilização para uso público e de colaboradores, é previsto o desenvolvimento de novas ferramentas para execução de tarefas específicas, de acordo com os dados obtidos ao longo do projeto. Uma das ferramentas desenvolvidas pelo laboratório é uma aplicação web (http://sucest-fun.org/wsapp) para acesso e análise dos dados do banco SUCEST-FUN DB. Essa ferramenta tem o font-end desenvolvido em linguagem Java e diversos scripts desenvolvidos nas linguagens Perl e R que fazem análise dos dados e inserção dos resultados no banco de dados, utilizando a linguagem SQL. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Com o desenvolvimento de um genoma referência da cana pelo grupo, e de dados provenientes de outras análises do genoma como RNA-Seq (Sequenciamento de RNA) e ESTs, que contêm milhões de reads resultantes de diferentes plataformas de sequenciamento, a análise desses dados precisa ser feita a partir de ferramentas computacionais robustas e de alta performance, de preferência que utilizem diversos processadores para execução de tarefas em paralelo. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados, e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises. (AU)

Publicações científicas

(4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DINIZ, AUGUSTO L.; FERREIRA, SAVIO S.; TEN-CATEN, FELIPE; MARGARIDO, GABRIEL R. A.; DOS SANTOS, JOAO M.; BARBOSA, GERALDO V. DE S.; CARNEIRO, MONALISA S.; SOUZA, GLAUCIA M.. Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, v. 17, p. 1404-1414, 2019. (14/50921-8, 16/06917-1, 15/22993-7, 17/02842-0, 17/02270-6)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, DEC 2019. (13/07467-1, 13/18322-4, 17/02842-0, 08/52074-0, 14/50921-8, 15/22993-7, 12/51062-3, 17/02270-6, 11/50761-2, 16/17545-8, 16/06917-1, 13/23048-9, 08/52146-0, 15/15346-5)

DINIZ, AUGUSTO LIMA; RODRIGUES DA SILVA, DANIELLE IZILDA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LAMAS COSTA, MAXIMILLER DAL-BIANCO; TEN-CATEN, FELIPE; LI, FORREST; VILELA, ROMEL DUARTE; MENOSSI, MARCELO; WARE, DOREEN; ENDRES, LAURICIO; et al. Amino Acid and Carbohydrate Metabolism Are Coordinated to Maintain Energetic Balance during Drought in Sugarcane. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 21, n. 23, DEC 2020. (13/13659-0, 15/01764-0, 17/02270-6, 17/02842-0, 14/50921-8, 19/15852-9)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, p. 18-pg., 2019-12-01. (14/50921-8, 17/02842-0, 08/52074-0, 15/22993-7, 08/52146-0, 13/18322-4, 12/51062-3, 13/07467-1, 17/02270-6, 11/50761-2, 13/23048-9, 16/06917-1, 15/15346-5, 16/17545-8)