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Anotação de 1000 clones BAC do genoma da cana de açúcar: banco de dados, integração e interface web.

Processo: 13/18322-4
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2013
Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2014
Área de conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Marie-Anne Van Sluys
Beneficiário:Jonas Weissmann Gaiarsa
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Biologia computacional   Genomas   Elementos de DNA transponíveis
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:anotação de genes | Cana de Açúcar | elementos de transposição | Genoma | montagem consenso | vetores BAC | Bioinformatica

Resumo

Bancos de dados genômicos para espécies com projetos de seqüenciamento em andamento são vitais para a integração dos dados e interface com o usuário final. No presente projeto, um banco de dados local será construído no qual serão integrados os diferentes elementos de transposição (TE) caracterizados pelo grupo GaTE, as sequências genômicas dos BACs cana de açúcar e seqüências de expressão oriundas de RNA-seq por plataforma SOLID e ILLUMINA. O principal objetivo será integrar seqüências geradas tanto localmente como aquelas provenientes de bancos públicos, em particular os bancos da TIGR, PlantSat, Phytozome, Repbase, SOL Genomics Network. Serão integrados também neste banco dados metabólicos e de expressão gerados experimentalmente. A implementação desse banco de dados local será vital para análise dos genomas em foco nos projetos em andamento no laboratório.

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
METCALFE, CUSHLA J.; OLIVEIRA, SARAH G.; GAIARSA, JONAS W.; AITKEN, KAREN S.; CARNEIRO, MONALISA S.; ZATTI, FERNANDA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. Journal of Experimental Botany, v. 66, n. 14, SI, p. 4239-4250, . (13/18322-4, 09/09217-7, 08/52074-0, 13/09391-2)
METCALFE, CUSHLA J.; OLIVEIRA, SARAH G.; GAIARSA, JONAS W.; AITKEN, KAREN S.; CARNEIRO, MONALISA S.; ZATTI, FERNANDA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. Journal of Experimental Botany, v. 66, n. 14, p. 12-pg., . (08/52074-0, 13/09391-2, 09/09217-7, 13/18322-4)
SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, . (13/07467-1, 13/18322-4, 17/02842-0, 08/52074-0, 14/50921-8, 15/22993-7, 12/51062-3, 17/02270-6, 11/50761-2, 16/17545-8, 16/06917-1, 13/23048-9, 08/52146-0, 15/15346-5)
SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, p. 18-pg., . (14/50921-8, 17/02842-0, 08/52074-0, 15/22993-7, 08/52146-0, 13/18322-4, 12/51062-3, 13/07467-1, 17/02270-6, 11/50761-2, 13/23048-9, 16/06917-1, 15/15346-5, 16/17545-8)