Uso de Real Time PCR para quantificação polimorfismo derivados da inserção de retrotransposons em cultivares poliplóides modernas de cana de açúcar

Resumo

A cana-de-açúcar é uma cultura importante tanto no Brasil quanto na Austrália. Cultivares modernas possuem genomas grandes e altamente poliplóides, estimando-se que eles possuem 8-10 alelos, dependendo do cultivar. Para a maioria dos cultivares, no entanto, o tamanho exato do genoma é desconhecido. Portanto, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades particulares no desenvolvimento de marcadores para programas de melhoramento. O método de Polimorfismo de Inserção Baseado em Retrotransposição (RBIP) é um método baseado em PCR para determinar a presença de uma cópia específica de um retrotransposons-LTR (Repetição Terminal Longa) (um tipo de elemento transponível). Esta técnica tem sido utilizada com sucesso em outros genomas de gramíneas como um sistema de DNA marcador, mas, porque é baseado em PCR, podem ser utilizados somente em organismos diplóides. Nós temos desenvolvido um sistema baseado no método RBIP combinado com PCR quantitativa para estimar a proporção de alelos com os retrotransposons-LTR presente num determinado locus para criar um perfil de retrotransposon-LTR. Os estudos preliminares sugerem que os resultados são consistentes ao longo das 14-16 repetições, uma diferença de dez vezes no modelo, o que não dá resultados significativamente diferentes, e os padrões da razão entre o número de inserções em três loci é suficiente viável para distinguir diferentes cultivares. (AU)