Bolsa 15/15346-5 - Genômica, Transcriptômica

Processo:	15/15346-5
Modalidade de apoio:	Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Data de Início da vigência:	01 de setembro de 2015
Data de Término da vigência:	31 de janeiro de 2017
Área de conhecimento:	Interdisciplinar

Pesquisador responsável:	Carlos Frederico Martins Menck
Beneficiário:	Jonas Weissmann Gaiarsa

Instituição Sede:	Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil

Vinculado ao auxílio:	12/25387-2 - Estabelecimento de uma facility de sequenciamento de nova geração como ferramenta de investigação em sistemas biológicos, AP.R


Assunto(s):	Genômica Transcriptômica Sequenciamento de nova geração Genomas Biologia computacional
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:	Facility \| Genômica \| Ngs \| Transcriptômica \| Bioinformática
Resumo Esta proposta prevê o desenvolvimento da estrutura de bioinformática do CEFAP, visando suprir a demanda crescente das plataformas NGS já operantes. O Centro conta atualmente com toda a infraestrutura necessária para a análise de dados de genomas pequenos, médios (até 50 Mbp) e grandes (como genomas humanos). Pretendemos que sejam realizadas atividades de apoio aos usuários quanto a análises de ressequenciamento, transcriptomas e também montagem de novo de genomas, visando a orientação das melhores abordagens experimentais e orientação quanto ao data mining e análises pós-montagens. (AU)

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Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, DEC 2019. (13/07467-1, 13/18322-4, 17/02842-0, 08/52074-0, 14/50921-8, 15/22993-7, 12/51062-3, 17/02270-6, 11/50761-2, 16/17545-8, 16/06917-1, 13/23048-9, 08/52146-0, 15/15346-5)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, p. 18-pg., 2019-12-01. (14/50921-8, 17/02842-0, 08/52074-0, 15/22993-7, 08/52146-0, 13/18322-4, 12/51062-3, 13/07467-1, 17/02270-6, 11/50761-2, 13/23048-9, 16/06917-1, 15/15346-5, 16/17545-8)

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