Implementação de análises computacionais para identificação de novos biomarcadores para diagnóstico molecular de tumores pancreáticos a partir de dados de sequenciamento de nova geração

• Processo: 13/13350-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Eduardo Moraes Rego Reis
• Beneficiário: Omar Julio Sosa
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica Sequenciamento de nova geração Ácidos nucleicos Transcriptoma Exoma Biomarcadores Técnicas de diagnóstico molecular Neoplasias pancreáticas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: adenocarcinoma de pâncreas | bioinformática | exoma | marcadores moleculares | RNAs não-codificadores | transcritoma | Genômica e Bioinformática

Resumo

A aplicação das novas tecnologias de sequenciamento massivo de ácidos nucleicos (NGS) tem um enorme potencial de contribuir para a identificação de alterações somáticas e transcricionais presentes em neoplasias humanas. Contudo, o grande volume e complexidade dos dados gerados através dessas técnicas representam um obstáculo para a extração de informações com relevância biológica ou clínica. Pretende-se neste projeto estabelecer uma plataforma informática para sistematizar o processamento, análise e armazenamento de dados genômicos obtidos a partir do sequenciamento do exoma e do transcriptoma de amostras clínicas de adenocarcinoma de pâncreas, lesões pré-malignas e tecido pancreático não-tumoral que serão gerados em nosso laboratório. Serão implementadas rotinas analíticas para identificar alterações somáticas no exoma (SNPs, indels, CNVs) e alterações no transcritoma, incluindo RNAs não codificadores longos, em amostras de tecido pancreático com diferentes graus de malignidade. Esses dados serão usados para identificar genes e módulos funcionais afetados durante a progressão do adenocarcinoma de pâncreas, gerando listas de candidatos para validação experimental como marcadores para o diagnóstico precoce ou prognóstico de evolução clínica da doença. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SOSA, Omar Julio. Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático. 2019. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.