Busca avançada
Ano de início
Entree

Implementação de análises computacionais para identificação de novos biomarcadores para diagnóstico molecular de tumores pancreáticos a partir de dados de sequenciamento de nova geração

Processo: 13/13350-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de março de 2014
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Eduardo Moraes Rego Reis
Beneficiário:Omar Julio Sosa
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica   Sequenciamento de nova geração   Ácidos nucleicos   Transcriptoma   Exoma   Biomarcadores   Técnicas de diagnóstico molecular   Neoplasias pancreáticas

Resumo

A aplicação das novas tecnologias de sequenciamento massivo de ácidos nucleicos (NGS) tem um enorme potencial de contribuir para a identificação de alterações somáticas e transcricionais presentes em neoplasias humanas. Contudo, o grande volume e complexidade dos dados gerados através dessas técnicas representam um obstáculo para a extração de informações com relevância biológica ou clínica. Pretende-se neste projeto estabelecer uma plataforma informática para sistematizar o processamento, análise e armazenamento de dados genômicos obtidos a partir do sequenciamento do exoma e do transcriptoma de amostras clínicas de adenocarcinoma de pâncreas, lesões pré-malignas e tecido pancreático não-tumoral que serão gerados em nosso laboratório. Serão implementadas rotinas analíticas para identificar alterações somáticas no exoma (SNPs, indels, CNVs) e alterações no transcritoma, incluindo RNAs não codificadores longos, em amostras de tecido pancreático com diferentes graus de malignidade. Esses dados serão usados para identificar genes e módulos funcionais afetados durante a progressão do adenocarcinoma de pâncreas, gerando listas de candidatos para validação experimental como marcadores para o diagnóstico precoce ou prognóstico de evolução clínica da doença. (AU)