Criação e validação de um sistema integrado de análise de dados obtidos por sequen...
- Auxílios pontuais (curta duração)
| Processo: | 13/13350-0 |
| Linha de fomento: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |
| Vigência (Início): | 01 de março de 2014 |
| Vigência (Término): | 28 de fevereiro de 2018 |
| Área do conhecimento: | Interdisciplinar |
| Pesquisador responsável: | Eduardo Moraes Rego Reis |
| Beneficiário: | Omar Julio Sosa |
| Instituição-sede: | Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Assunto(s): | Biologia computacional Genômica Sequenciamento de nova geração Ácidos nucleicos Transcriptoma Exoma Biomarcadores Técnicas de diagnóstico molecular Neoplasias pancreáticas |
Resumo A aplicação das novas tecnologias de sequenciamento massivo de ácidos nucleicos (NGS) tem um enorme potencial de contribuir para a identificação de alterações somáticas e transcricionais presentes em neoplasias humanas. Contudo, o grande volume e complexidade dos dados gerados através dessas técnicas representam um obstáculo para a extração de informações com relevância biológica ou clínica. Pretende-se neste projeto estabelecer uma plataforma informática para sistematizar o processamento, análise e armazenamento de dados genômicos obtidos a partir do sequenciamento do exoma e do transcriptoma de amostras clínicas de adenocarcinoma de pâncreas, lesões pré-malignas e tecido pancreático não-tumoral que serão gerados em nosso laboratório. Serão implementadas rotinas analíticas para identificar alterações somáticas no exoma (SNPs, indels, CNVs) e alterações no transcritoma, incluindo RNAs não codificadores longos, em amostras de tecido pancreático com diferentes graus de malignidade. Esses dados serão usados para identificar genes e módulos funcionais afetados durante a progressão do adenocarcinoma de pâncreas, gerando listas de candidatos para validação experimental como marcadores para o diagnóstico precoce ou prognóstico de evolução clínica da doença. (AU) | |