O genoma de Pratylenchus zeae: obtenção de sequências, montagem e anotação funcional

• Processo: 23/07282-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia
• Pesquisador responsável: Claudia Barros Monteiro Vitorello
• Beneficiário: Jonathan Ferreira Macedo
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Fitopatologia Genética Interação planta-patógeno Nematoides Nematologia Sequenciamento
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Fitopatologia | genética | Interação planta-patógeno | Nematóide | Nematologia | sequenciamento | Genética

Resumo

O Brasil é o maior produtor de cana-de-açúcar no mundo, seguido de China e Índia, além de ser o maior produtor e exportador de seus subprodutos açúcar e etanol. O Pratylenchus zeae, nematoide endoparasita migrador de diversas culturas vegetais, é um dos principais causadores da redução da produtividade em lavouras de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), com prejuízos intensificados ano após ano. A redução na funcionalidade das raízes, provoca estresse hídrico, deficiência de nutrientes e facilita a infecção de outros fitopatógenos, que em conjunto, acarretam no baixo crescimento das plantas e consequentemente na redução da produtividade. Apesar da dinâmica de controle em campo propor a diminuição dos danos causados, com a rotação de culturas e o uso de nematecidas, a utilização de tais práticas são pouco eficazes. De maneira geral, o uso de genótipos resistentes é considerado a melhor prática para o controle de nematoides de lesões radiculares. No entanto, para cana-de-açúcar, até o momento, somente são descritos genótipos mais ou menos tolerantes ao patógeno, além dos poucos relatos que existem na literatura que tratam da interação cana-P.zeae. Assim, este projeto visa obter sequências genômicas que contribuam para o sequenciamento completo do genoma de P. zeae, por meio da determinação de métodos de extração de DNA de alto peso molecular, e utilizando a plataforma Oxford-Nanopore. As sequências obtidas serão analisadas quanto a qualidade e montagem, e com apoio da Dra. Thais Dal'Sasso, PD atuando no grupo, o genoma será anotado e inferências sobre a biologia do patógeno serão realizadas. Os dados serão imprescindíveis no contexto do Projeto de Pesquisa, e tem como base a análise da comunicação entre a planta e o patógeno utilizando experimentos da interação e análise do transcriptoma dual.