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Representação, caracterização e modelagem de imagens biológicas utilizando redes complexas

Processo: 18/09125-4
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
Pesquisador responsável:Cesar Henrique Comin
Beneficiário:Cesar Henrique Comin
Instituição Sede: Centro de Ciências Exatas e de Tecnologia (CCET). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Processamento de imagens  Microscopia confocal  Teoria das redes complexas  Teoria dos grafos  Modelos matemáticos  Vasos sanguíneos  Condução nervosa 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Grafo esqueleto | microscopia confocal | teoria de redes | vasos sanguíneos | Processamento de Imagens

Resumo

A representação de sistemas através da sua topologia, na forma de redes ou grafos, tem despertado muito interesse nos últimos anos. Tal interesse culminou no surgimento da área hoje conhecida como teoria de redes complexas. A proposta deste projeto é aplicar uma série de resultados recentes da área de redes complexas para a análise de imagens biológicas, com a finalidade de revelarmos propriedades dessas imagens usualmente não observadas através de metodologias tradicionais. Esse objetivo envolve três aspectos fundamentais de estudo, dados pela i) definição de representações adequadas de imagens através de redes, ii) escolha de propriedades topológicas apropriadas para caracterizar os dados e iii) criação de modelos matemáticos dos sistemas estudados. Descreveremos os desafios esperados para cada um dos aspectos considerados e possíveis abordagens que serão utilizadas para solucioná-los. Mostraremos que diversos métodos de redes complexas podem ser utilizados para a análise de imagens obtidas dos mais diferentes sistemas biológicos. Especial enfoque será dado para sistemas que possuem representações naturais em redes, como vasos sanguíneos e neurônios, mas outras aplicações serão consideradas. Pretendemos aplicar os conceitos desenvolvidos para auxiliar pesquisas de fronteira em biologia, através de colaborações com pesquisadores da área. (AU)

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Publicações científicas (23)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVA, FILIPI N.; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.. Malleability of complex networks. JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT, . (15/22308-2, 15/08003-4, 17/09280-7, 15/18942-8, 13/07375-0, 18/09125-4, 11/50761-2)
BENATTI, ALEXANDRE; DE ARRUDA, HENRIQUE FERRAZ; COMIN, CESAR HENRIQUE; SILVA, FILIPI NASCIMENTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA; GLANZEL, W; HEEFFER, S; CHI, PS; ROUSSEAU, R. Robustness of citation networks retrieved from queries. 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SCIENTOMETRICS & INFORMETRICS (ISSI2021), v. N/A, p. 2-pg., . (18/09125-4, 19/16223-5, 15/22308-2, 18/10489-0)
RIBEIRO PRIST, PAULA; REVERBERI TAMBOSI, LEANDRO; FILIPE MUCCI, LUIS; PINTER, ADRIANO; PEREIRA DE SOUZA, RENATO; DE LARA MUYLAERT, RENATA; ROGER RHODES, JONATHAN; HENRIQUE COMIN, CESAR; DA FONTOURA COSTA, LUCIANDO; LANG D'AGOSTINI, TATIANA; et al. Roads and forest edges facilitate yellow fever virus dispersion. JOURNAL OF APPLIED ECOLOGY, v. 59, n. 1, . (18/09125-4, 18/14389-0, 15/22308-2, 18/23364-1, 17/11666-0)
COMIN, CESAR H.; TSIRUKIS, I, DEMETRIOS; SUN, YE; XU, XIAOYIN. Quantification of retinal blood leakage in fundus fluorescein angiography in a retinal angiogenesis model. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (15/22308-2, 18/09125-4)
TOKUDA, ERIC K.; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; COMIN, CESAR H.; JR, ROBERTO M. CESAR; SILVA, CLAUDIO T.; COSTA, LUCIANO DA F.. Spatial distribution of graffiti types: a complex network approach. European Physical Journal B, v. 94, n. 9, . (19/01077-3, 19/16223-5, 18/09125-4, 15/22308-2, 18/10489-0)
BRITO, ANA C. M.; SILVA, FILIPI N.; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; COMIN, CESAR H.; AMANCIO, DIEGO R.; COSTA, LUCIANO DA F.. Classification of abrupt changes along viewing profiles of scientific articles. Journal of Informetrics, v. 15, n. 2, p. 15-pg., . (18/09125-4, 18/10489-0, 15/22308-2, 16/19069-9, 15/08003-4)
GEWERS, FELIPE L.; FERREIRA, GUSTAVO R.; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; SILVA, FILIPI N.; COMIN, CESAR H.; AMANCIO, DIEGO R.; COSTA, LUCIANO DA F.. Principal Component Analysis: A Natural Approach to Data Exploration. ACM COMPUTING SURVEYS, v. 54, n. 4, . (17/13464-6, 18/09125-4, 15/22308-2, 16/19069-9, 18/10489-0, 11/50761-2, 19/16223-5)
CIBA, MANUEL; BESTEL, ROBERT; NICK, CHRISTOPH; DE ARRUDA, GUILHERME FERRAZ; PERON, THOMAS; HENRIQUE, COMIN CESAR; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA; RODRIGUES, FRANCISCO APARECIDO; THIELEMANN, CHRISTIANE. Comparison of Different Spike Train Synchrony Measures Regarding Their Robustness to Erroneous Data From Bicuculline-Induced Epileptiform Activity. NEURAL COMPUTATION, v. 32, n. 5, p. 887-911, . (15/22308-2, 16/23827-6, 18/09125-4, 13/26416-9, 12/51301-8, 12/25219-2)
COMIN, CESAR H.; PERON, THOMAS; SILVA, FILIPI N.; AMANCIO, DIEGO R.; RODRIGUES, FRANCISCO A.; COSTA, LUCIANO DA F.. Complex systems: Features, similarity and connectivity. PHYSICS REPORTS-REVIEW SECTION OF PHYSICS LETTERS, v. 861, p. 1-41, . (15/22308-2, 15/08003-4, 16/23827-6, 18/09125-4, 16/19069-9, 14/20830-0, 13/26416-9)
TOKUDA, ERIC K.; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.. Impact of the topology of urban streets on mobility optimization. JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT, v. 2022, n. 10, p. 20-pg., . (18/09125-4, 21/12354-8, 19/01077-3, 15/22308-2)
BRITO, ANA C. M.; SILVA, FILIPI N.; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; COMIN, CESAR H.; AMANCIO, DIEGO R.; COSTA, LUCIANO DA F.. lassification of abrupt changes along viewing profiles of scientific article. Journal of Informetrics, v. 15, n. 2, . (18/10489-0, 19/16223-5, 15/08003-4, 16/19069-9, 18/09125-4, 15/22308-2)
BORDELEAU, MAUDE; COMIN, CESAR H.; DE COSSIO, LOURDES FERNANDEZ; LACABANNE, CHLOE; FREITAS-ANDRADE, MOISES; IBANEZ, FERNANDO GONZALEZ; RAMAN-NAIR, JOANNA; WAKEM, MICHAEL; CHAKRAVARTY, MALLAR; COSTA, LUCIANO DA F.; et al. aternal high-fat diet in mice induces cerebrovascular, microglial and long-term behavioural alterations in offsprin. COMMUNICATIONS BIOLOGY, v. 5, n. 1, . (15/22308-2, 18/09125-4)
DE ARRUDA, HENRIQUE FERRAZ; BENATTI, ALEXANDRE; SILVA, FILIPI NASCIMENTO; COMIN, CESAR HENRIQUE; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Contrarian effects and echo chamber formation in opinion dynamics. JOURNAL OF PHYSICS-COMPLEXITY, v. 2, n. 1, p. 12-pg., . (19/16223-5, 15/22308-2, 18/10489-0, 11/50761-2, 18/09125-4)
DE ARRUDA, HENRIQUE F.; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.. Problem-solving using complex networks. European Physical Journal B, v. 92, n. 6, . (13/07375-0, 15/22308-2, 11/50761-2, 18/09125-4)
BENATTI, ALEXANDRE; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; SILVA, FILIPI NASCIMENTO; COMIN, CESAR HENRIQUE; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Opinion diversity and social bubbles in adaptive Sznajd networks. JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT, v. 2020, n. 2, . (15/22308-2, 11/50761-2, 18/09125-4, 18/10489-0)
DA SILVA, MATHEUS V.; OUELLETTE, JULIE; LACOSTE, BAPTISTE; COMIN, CESAR H.. An analysis of the influence of transfer learning when measuring the tortuosity of blood vessels. COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE, v. 225, p. 11-pg., . (18/09125-4, 21/12354-8)
COMIN, CESAR H.; TAYLOR, GAVIN J.; COSTA, LUCIANO DA F.. Quantifying the regularity of a 3D set of points on the surface of an ellipsoidal object. PATTERN RECOGNITION LETTERS, v. 133, p. 1-7, . (15/22308-2, 11/50761-2, 18/09125-4)
RODRIGUEZ, MAYRA Z.; COMIN, CESAR H.; CASANOVA, DALCIMAR; BRUNO, ODEMIR M.; AMANCIO, DIEGO R.; COSTA, LUCIANO DA F.; RODRIGUES, FRANCISCO A.. Clustering algorithms: A comparative approach. PLoS One, v. 14, n. 1, . (16/19069-9, 14/20830-0, 15/18942-8, 15/22308-2, 14/08026-1, 18/09125-4, 11/50761-2)
SILVA, FILIPI N.; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.. Malleability of complex networks. JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT, v. N/A, p. 15-pg., . (18/09125-4, 15/22308-2, 17/09280-7, 13/07375-0, 15/18942-8, 11/50761-2, 15/08003-4)
MENDES, RODRIGO DE P.; YUAN, XIN; GENEGA, ELIZABETH M.; XU, XIAOYIN; COSTA, LUCIANO DA F.; COMIN, CESAR H.. Gland context networks: A novel approach for improving prostate cancer identification. Computerized Medical Imaging and Graphics, v. 94, . (21/12354-8, 18/09125-4, 15/22308-2)
TOKUDA, ERIC K.; DE ARRUDA, HENRIQUE F.; DOMINGUES, GUILHERME S.; COSTA, LUCIANO DA F.; SHIBATA, FLORENCE AS; CESAR-JR, ROBERTO M.; COMIN, CESAR H.. Estimating the effects of urban green regions in terms of diffusion. ENVIRONMENT AND PLANNING B-URBAN ANALYTICS AND CITY SCIENCE, v. N/A, p. 16-pg., . (15/22308-2, 18/09125-4, 18/10489-0, 19/01077-3)
LITHOPOULOS, MARISSA A.; TOUSSAY, XAVIER; ZHONG, SHUMEI; XU, LIQUN; MUSTAFA, SHAMIMUNISA B.; OUELLETTE, JULIE; FREITAS-ANDRADE, MOISES; COMIN, CESAR H.; BASSAM, HAYAM A.; BAKER, ADAM N.; et al. Neonatal hyperoxia in mice triggers long-term cognitive deficits via impairments in cerebrovascular function and neurogenesis. Journal of Clinical Investigation, v. 132, n. 22, p. 21-pg., . (21/12354-8, 18/09125-4)
TOKUDA, ERIC K.; COMIN, CESAR H.; COSTA, LUCIANO DA F.. Revisiting agglomerative clustering. PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS, v. 585, . (19/01077-3, 15/22308-2, 18/09125-4)