| Processo: | 17/02748-3 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de setembro de 2017 |
| Data de Término da vigência: | 31 de julho de 2018 |
| Área de conhecimento: | Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação |
| Pesquisador responsável: | João Meidanis |
| Beneficiário: | João Paulo Pereira Zanetti |
| Instituição Sede: | Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil |
| Assunto(s): | Biologia computacional |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Comparação de genomas | Bioinformática |
Resumo A comparação entre genomas pode ser feita de várias formas. Em muitas aplicações, é importante reduzir as diferenças entre dois genomas a um número real, que possa expressar a distância entre eles. Nos últimos anos, uma das distâncias mais usadas foi a chamada distância DCJ, que une apelo biológico a eficiência de cálculo computacional. A chamada distância algébrica, relacionada à distância de posto entre matrizes, é uma outra candidata gozando de características semelhantes, mas não foi tão explorada.Neste projeto, tencionamos estudar o comportamento da distância de posto em situações já examinadas para a distância DCJ, incluindo determinar o espaço de soluções ótimas de rearranjos, examinar o seu uso para reconstrução filogenética, e estudá-la acrescida de inserções e deleções, e em presença de duplicações.Nossa aposta para vencer os desafios que se apresentam para os objetivos planejados se apoia no avanço da teoria matricial de rearranjo de genomas, onde cremos que a distância de posto apresentará propriedades algébricas que a distância DCJ não possui. | |
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