Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a comparação dos níveis de expressão intra e interespecíficos

• Processo: 17/19804-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Tatiana Teixeira Torres
• Beneficiário: Carla Antonieta da Silva Santos Chibante
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/09659-3 - Fisiologia molecular e evolução de uma nova via de estabilização do desenvolvimento, AP.R
• Assunto(s): Capacitação tecnológica Banco de dados Análise de sequência de DNA Expressão gênica Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | Banco de dados | bioinformática | dano tecidual | desenvolvimento | montagem | Bioinformática

Resumo

A proposta "Fisiologia molecular e evolução de uma nova via de estabilidade no desenvolvimento" se aproveitará do progresso em técnicas de sequenciamento e abordará a análise de ambos, sequência nucleotídica e expressão gênica, para a caracterização da via de sinalização que coordena o crescimento e o tempo de desenvolvimento dos tecidos. Essa abordagem requer a comparação dos níveis de expressão gênica entre amostras controle e com danos teciduais. Além disso, com a amostragem em um contexto filogenético, também será possível comparar as sequências e níveis de expressão entre as diferentes espécies. A análise de sequências na escala proposta e sua comparação entre as diferentes amostras oferece uma série de desafios computacionais e estatísticos para lidar com o imenso volume de dados. Assim, a atuação de um técnico em informação nas atividades do projeto é de extrema importância para permitir a implementação das rotinas comuns de análise computacional por meio de um "pipeline", bem como o uso eficiente dos sistemas disponíveis para a análise exploratória dos dados. Como a metodologia empregada é relativamente recente, ainda existe uma grande demanda para otimização de algoritmos e programas, atividade que também exigirá o envolvimento do bolsista. Após a análise exploratória dos dados é necessário fazer uma anotação minuciosa utilizando os dados já disponíveis em bancos de dados públicos e a difusão dos resultados através da criação de um banco acessível nos moldes do Flybase. No âmbito dos objetivos do Programa de Capacitação de Recursos Humanos - Capacitação Técnica, a proposta permitirá o treinamento e aperfeiçoamento do profissional especialista em Tecnologia de Informação. Existem diversas oportunidades para o profissional com treinamento em Bioinformática e a demanda por estes profissionais cresce num alto ritmo. Assim, o treinamento será importante para a colocação do candidato no mercado de trabalho. (AU)