Desconstrução da complexidade regulatória em Escherichia coli através de abordagens de biologia sistêmica

• Processo: 18/03857-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Bianca Naomi de Carvalho
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/22921-8 - Abordagens de biologia sintética para decifrar os mecanismos de integração de sinais em promotores bacterianos complexos, AP.JP
• Assunto(s): Biologia sistêmica Biologia sintética Escherichia coli Expressão gênica Regulação da expressão gênica Redes complexas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Sintetica | biologia sistêmica | Redes Complexas | Regulação gênica | Biologia Sistêmica

Resumo

A bactéria modelo Escherichia coli é sem dúvidas o organismo melhor investigado do ponto de vista molecular. Para esse organismo, existem um grande número de dados referentes aos mecanismos de regulação da expressão gênica que foram gerados nas últimas décadas. Dessa, existem banco de dados especializados que compilam essas informações de maneira sistemática e curada manualmente, servindo de ponto de partida para muitos estudos nesse organismo. No presente projeto, serão utilizadas informações sobre as interações regulatórias entre fatores de transcrição e promotores alvos em E. coli, sendo essas informações extraídas do banco de dados RegulonDB. Dessa forma, serão selecionados promotores de E. coli naturalmente complexos (isto é, aqueles regulados por 5 ou mais fatores de transcrição) para analisar a dinâmica da expressão de genes com arquiteturas de promotores semelhantes. Dessa forma, a lista de promotores selecionados será utilizada para mapear e agrupar os perfiles de expressão dos genes alvos a partir do banco de dados de expressão gênica Colombos Commons. Assim, através de uma abordagem de biologia sistêmica, espera-se investigar se promotores de arquitetura regulatória semelhantes geram perfiles de expressão semelhante em E. coli, permitindo assim deconstruir a complexidade regulatória nesse organismo modelo.