Caracterização e análise de DNAs repetitivos em Pseudis (Anura, Hylidae): cromossomos sexuais, mapeamento comparativo e dinâmica de DNAs satélites

• Processo: 18/17992-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Célio Fernando Baptista Haddad
• Beneficiário: Kaleb Pretto Gatto
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): DNA satélite Sequenciamento de nova geração Biologia computacional Evolução cromossômica Citogenômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | citogenética comparativa | DNA satélite | Evolução Cromossômica | familias multigenicas | sequenciamento de nova geração | Citogenômica

Resumo

DNAs repetitivos compõem a maior parte do genoma de eucariotos e são divididos em duas grandes classes: (a) DNAs repetitivos in tandem e (b) DNAs repetitivos dispersos pelo genoma. Dentre os DNAs repetitivos in tandem há os DNAs satélites, principais componentes da heterocromatina, e as famílias multigênicas, como dos genes de histonas. A inerente natureza repetitiva dessas sequências sempre apresentou dificuldades de caracterizá-las a fundo em estudos de sequenciamento e montagem de genomas. Entretanto, novos métodos têm surgido para estudar melhor essa porção dos genomas usando sequências produzidas por abordagens de sequenciamento de nova geração (NGS). Com o uso de NGS e ferramentas de bioinformática pode-se estudar mais a fundo a composição de DNAs repetitivos em um dado genoma, bem como estudar a evolução dessas sequências e também gerar marcadores citogenéticos a fim de reconhecer cromossomos homeólogos entre espécies relacionadas filogeneticamente. No presente projeto é apresentada a proposta de se caracterizar a biblioteca de DNAs satélites presentes no anuro Pseudis tocantins usando sequenciamento de nova geração e algoritmos desenvolvidos para o estudo de sequências repetitivas. Em conjunto, propomos também isolar e mapear as sequências caracterizadas para P. tocantins em outras três espécies de Pseudis e uma de Lysapsus, a fim de estudar a dinâmica das sequências repetitivas, bem como inferir eventos de evolução cromossômica no gênero Pseudis. Também propomos isolar, caracterizar e mapear sequências de famílias multigênicas (e.g. genes de histona) a fim de inferir homeologia cromossômica e também testar a aplicabilidade dessa abordagem em levantar caracteres de interesse taxonômico/filogenéticos para o gênero Pseudis. Por último, propomos testar a hipótese da existência de outros DNAs satélites estarem presentes no cromossomo W de P. tocantins, bem com identificar sequências repetitivas que possam ser exclusivas do cromossomo Z dessa espécie.