Compreendendo o microambiente tumoral do osteossarcoma

• Processo: 19/18670-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2019
• Data de Término da vigência: 24 de março de 2020
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Silvia Regina Caminada de Toledo
• Beneficiário: Alini Trujillo Paolillo
• Supervisor: Ching Ching Lau
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Jackson Laboratory (JAX), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 16/01718-0 - Análise dos mecanismos genéticos envolvidos na resistência à quimioterapia no osteossarcoma metastático, BP.DR
• Assunto(s): Osteossarcoma Imunoterapia Oncologia pediátrica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: imaging mass cytometry | Immunotherapy | long read RNA sequencing | microenvironment | osteosarcoma | single cell transcriptomics | Oncologia Pediátrica

Resumo

O osteossarcoma é o tumor ósseo maligno primário mais comum que afeta crianças, adolescentes e adultos jovens. Pacientes com doença localizada são curados em 65% dos casos, mas nenhuma melhora no prognóstico foi observada desde a implementação da quimioterapia há 40 anos. A fim de melhor entender a biologia do osteossarcoma e desenvolver novas imunoterapias, propomos usar as mais modernas tecnologias genômicas para estudar o microambiente do osteossarcoma em alta resolução. Nós estaremos usando duas técnicas altamente inovadoras, mas de alto custo, para fazer a descoberta inicial com um número limitado de casos (20). Sequenciamento de transcriptoma de célula única (SCT) será realizado para determinar o conteúdo do tipo celular desses tumores. Em seguida, desenvolveremos um painel de anticorpos a ser empregado em imagens de citometria de massa. Além disso, o sequenciamento de RNA de leitura longa (LRseq) será realizado em um grupo de casos do projeto TARGET, o qual possui dados de RNAseq, sequenciamento completo do exoma (WES) e sequenciamento completo do genoma (WGS). Transcritos de fusão e isoformas candidatos serão rigorosamente validados, e a anotação incluirá a localização das proteínas expressas, o que será útil para priorizar a exploração futura desses potenciais alvos para imunoterapia. Anticorpos monoclonais ou células CAR-T serão desenvolvidos para se ligarem a proteínas da superfície celular, enquanto vacinas tumorais serão desenvolvidas para neo-antígenos intracelulares. Enfim, propomos abordar uma lacuna crítica de conhecimento em osteossarcoma pediátrico, criando um mapa detalhado e abrangente do microambiente tumoral, bem como uma biblioteca abrangente de isoformas e proteínas de fusão que possam, no futuro, representar neoantígenos para imunoterapia.