Determinação e análise da rede de regulação gênica da angiogênese num modelo murino

• Processo: 19/05287-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Jhonatas Sirino Monteiro
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Regulação da expressão gênica Angiogênese RNA RNA mensageiro Retinopatia da prematuridade Retinopatia diabética Vasos sanguíneos Modelos animais de doenças
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: angiogenese | Rede de Regulação Gênica | Retinopatia induzida por oxigênio (OIR) | RNA não-codificante (ncRNA) | RNA-seq | Bioinformática

Resumo

Angiogênese é o processo de formação de novos vasos sanguíneos a partir de outros já existentes. Diversas doenças dependem da neovascularização para progredirem no organismo, como por exemplo, Câncer e retinopatias. Estas doenças são conhecidas como doenças dependentes da angiogênese. A formação de vasos no organismo adulto ocorre sob delicado controle da expressão gênica, e desregulações nesse processo pode acarretar em doenças graves como, por exemplo, algumas retinopatias (retinopatia da prematuridade e retinopatia diabética). Sabe-se que o fator de crescimento endotelial vascular (VEGF) é um dos principais componentes que orquestram a angiogênese, e por isso esse fator virou alvo de terapias para tratamento de alguns tipos de Câncer. Porém essas terapias, apesar de efetivas, apresentaram efeitos colaterais, pois VEGF também é um fator de sobrevivência de células endoteliais quiescentes, e uma fração importante dos pacientes se torna resistente ao tratamento anti-VEGF. Por isso, busca-se por terapias alternativas mais eficientes e com menos efeitos colaterais. Entender os mecanismos de regulação gênica deste processo poderá contribuir para um melhor entendimento dos mecanismos da angiogênese. Nosso grupo gerou dados de RNA-seq a partir de retinas de modelos murinos de retinopatia induzida por oxigênio (OIR), um dos modelos animais que melhor reproduz a angiogênese in vivo (Guarischi-Souza, manuscrito submetido, anexo a proposta). Na primeira etapa deste estudo foram analisados genes Diferencialmente Expressos (DE) entre amostras com angiogênese induzida e não-induzida, em que foram identificados 153 genes DE, e desses, 11 foram utilizados para desenvolver uma assinatura gênica com poder prognóstico para reincidência de Câncer de Mama. Isto indica que esse modelo murino e transcritoma por nós gerados recapitulam os processos moleculares envolvidos na angiogênese humana. Por isso, neste projeto, vamos expandir estes estudos, agregando dados de isoformas de mRNA e de RNAs não codificadores (lncRNAs, miRNAs e circRNAs) na angiogênese. O objetivo final é construir uma rede de interação entre ncRNAs e mRNAs que represente, ou que se aproxime, a uma rede de regulação gênica da formação de vasos sanguíneos com ênfase na angiogênese patológica. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE PEDRO-JOVE, R.; PUIGVERT, M.; SEBASTIA, P.; MACHO, A. P.; MONTEIRO, J. S.; COLL, N. S.; SETUBAL, J. C.; VALLS, M.. Dynamic expression of Ralstonia solanacearum virulence factors and metabolism-controlling genes during plant infection. BMC Genomics, v. 22, n. 1, MAR 9 2021. (19/05287-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MONTEIRO, Jhonatas Sirino. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. 2022. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.