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Mapeamento e caracterização in silico de RNAs circulares em Halobacterium salinarum

Processo: 16/08209-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de agosto de 2016
Vigência (Término): 31 de julho de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Victor Ramos
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia sistêmica   Halobacterium salinarum   Biologia computacional   RNA anti-senso   Análise de sequência de RNA   Regulação da expressão gênica

Resumo

A abundância de RNAs circulares (circRNAs) tem sido reportada recentemente em organismos de todos os domínios da vida, indicando a sua importância nas redes de regulação gênica. No domínio Archaea, Halobacterium salinarum tem se consolidado como um organismo modelo, visto a facilidade de cultivo e manipulação em laboratório, aliada a abundância de dados em escala genômica, o que permitiu estabelecer um modelo de rede de regulação gênica global. Nosso laboratório vem trabalhando na identificação e caracterização de RNAs não-codificantes neste organismo de modo a refinar os modelos de regulação gênica. Através da aquisição de dados experimentais de RNAseq, foi possível constatar a presença de um grande número de circRNAs em H. salinarum, alguns deles com possível atuação como RNAs antisense a genes importantes no metabolismo celular. Porém, para o mapeamento mais preciso dessas moléculas e exclusão de falsos positivos, faz-se necessária uma análise mais minuciosa dos dados experimentais já obtidos. Neste projeto, propõe-se a utilização de ferramentas de bioinformática para refinar o mapeamento de circRNAs e iniciar uma caracterização in silico dessas moléculas, incluindo propriedades estruturais. Estas informações deverão enriquecer o conjunto de ncRNAs identificados em H. salinarum para futuramente refinar o modelo global de regulação gênica, incluindo os circRNAs. (AU)