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Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs

Processo: 13/23712-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2014
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Gilvan Pessoa Furtado
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
Assunto(s):Halobacterium salinarum   Biologia sistêmica   Proteômica

Resumo

O princípio da Biologia Sistêmica defende que o entendimento do funcionamento global de um organismo não pode ser obtido simplesmente pelo estudo de suas partes isoladas, uma vez que as interações entre elas faz surgir novas propriedades. Análises globais têm sido possíveis graças ao constante aperfeiçoamento de técnicas de análises high-throughput em que um grande número de dados podem ser obtidos simultaneamente e analisados de forma integrada. Dentre os organismos modelos usados no estudo sistêmico, a haloarquea Halobacterium salinarum tem recebido bastante atenção devido a propriedades interessantes do ponto de vista biológico como sua capacidade adaptativa de viver em ambientes hipersalinos, além de propriedades moleculares muito semelhantes àquelas presentes em eucariotos. Estudos prévios neste organismo modelo sugerem que RNAs não codificantes (ncRNA) desempenham importante papel regulador, inclusive sendo diferencialmente expresso em determinadas condições celulares. No entanto, nos últimos anos vários trabalhos científicos têm mostrado, em muitos organismos, que regiões genômicas antes classificadas como não codificadoras, são na verdade pequenas ORFs (smORFs) que codificam peptídeos com importantes propriedades funcionais. Com o intuito de verificar a existência de smORFs não anotadas em H. salinarum, nós utilizamos ferramentas de bioinformática para identificar todos os possíveis códons de início e término da tradução em todas as fases de leitura do genoma e comparamos a localização destes códons com dados de RNAseq. Esta análise inicial mostrou alta probabilidade de existirem smORFs ainda não identificadas neste organismo, hipótese que será comprovada com análises in silico adicionais, bem como pelo uso de técnicas de espectrometria de massas e marcação cromossômica.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 10 2015. Citações Web of Science: 1.

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