Caracterização microbiana em ambiente hospitalar através da plataforma de sequenciamento MinION

• Processo: 20/14630-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2020
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Felipe Marcelo Pereira dos Santos
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 19/15675-0 - Desvendando a complexidade das redes de regulação gênica microbianas, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia molecular Microbiota Viabilidade microbiana RNA ribossômico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Microbiota | MinION | 16S rRNA | Biologia Molecular

Resumo

A microbiota, termo que designa o conjunto de microrganismos presentes em um determinado ambiente, vêm ganhando expressiva atenção quanto à suas relações com a saúde humana. O método mais utilizado para a caracterização de microrganismos baseado nos resultados de sequenciamento, tanto em ambientes como rios, estações de tratamento de água ou hospitais, quanto em mucosas humanas, se baseia na utilização de regiões do gene 16S rRNA para realizar a identificação dos mesmos. Todavia, tal metodologia apresenta uma importante limitação a respeito da identificação de espécies, em razão da baixa variabilidade das regiões utilizadas do 16S rRNA em microrganismos de mesmo gênero e espécies muito próximas evolutivamente. Embora essas abordagens apresentem bons resultados para classificação de microrganismos quanto a seu filo e gênero, isso pode não ser suficiente para a categorização de patógenos. Afim de abordar essa limitação, começa-se a utilizar tecnologias de sequenciamento capazes de gerar sequências maiores, como o MinION, com o objetivo de cobrir todo gene 16S rRNA e então utilizá-lo para categorização de microrganismos. Essa abordagem já tem demonstrado mais precisão quanto a classificação de espécies em relação às abordagens até então empregadas, todavia, devido a natureza emergente das metodologias, alguns métodos que compõem essa abordagem ainda precisam ser explorados e avaliados. Assim, o presente projeto visa abordar as limitações das metodologias de identificação de microorganismos baseadas em regiões do gene 16S rRNA com a utilização de todo esse gene, sequenciado a partir da plataforma de sequenciamento MinION.