Amebas de vida livre: elaboração da ferramenta de visualização PVT e identificação de Naegleria spp. e Acanthamoeba spp. no Rio Monjolinho em São Carlos - SP

• Processo: 21/04364-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2021
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Otavio Henrique Thiemann
• Beneficiário: Matheus Issa
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Filogenia Biologia computacional Amoeba Naegleria Acanthamoeba Oligonucleotídeos Reação em cadeia por polimerase (PCR) Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Amoebas de vida livre | biodiversidade microbiana | Filogenia | Free-living Amoeba | Phylogeny | Amoebas de vida livre

Resumo

Amebas de Vida Livre (AVL) são microrganismos protistas amplamente encontrados na natureza, mas que, apesar de grande parte viver livremente no ambiente, apresentam alguns gêneros parasitas oportunistas facultativos, como é o caso de Naegleria spp. e Acanthamoeba spp.. Elas normalmente causam infecções associadas ao Sistema Nervoso Central (SNC) e sua rápida progressão leva os pacientes a óbito. No Brasil, os estudos desses microrganismos são bastante escassos, não havendo um preciso mapeamento da distribuição ambiental deles, o que torna o desconhecimento da presença dessas amebas um alto risco para a população. Além disso, as análises morfológicas hoje realizadas não são otimizadas, dificultando o processamento eficiente das amostras pesquisadas. Sendo assim, este projeto visa elaborar um programa de visualização baseado em chaves taxonômicas, a partir do guia de classificação Page (1988), e verificar, a nível molecular, a existência de espécies dos gêneros de AVL citados em 5 sítios de coleta do Rio Monjolinho na cidade de São Carlos, SP. Para a primeira questão, são reunidas, em tabelas, características morfológicas das diferentes amebas descritas no guia para a criação do software PVT (do inglês, Page's Visualization Tool). Já para a segunda, são empregadas técnicas de biologia molecular tradicionais, partindo da extração do DNAgenômico das amostras, passando por amplificação por PCR com oligonucleotídeos específicos paragênero, sequenciamento do DNA amplificado e análise bioinformática, realizando o alinhamento com a ferramenta BLAST do NCBI a partir do banco de dados GenBank. Dessa forma, é possível construir filogenias capazes de fornecer um panorama geral ambiental de dispersão desses microrganismos na região, contribuindo, em conjunto com o PVT, para a otimização e complementação de futuras pesquisas no tema.