Análise espaço-temporal das variantes de preocupação do SARS-CoV-2 no município de São Paulo

• Processo: 21/11953-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2022
• Data de Término da vigência: 23 de janeiro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Acordo de Cooperação: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Wesley Francis Costa Cota
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE), AP.TEM
• Assunto(s): COVID-19 Epidemiologia Técnicas de genotipagem SARS-CoV-2
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Covid-19 | Epidemiologia | Genotipagem | modelos epidêmicos | SARS-CoV-2 | variantes de preocupação | Epidemiologia

Resumo

A disponibilidade de técnicas de sequenciamento de genoma viral e projeções por meio de modelos matemáticos, estatísticos e computacionais permitem acompanhar a emergência e disseminação de doenças infecciosas em escala local e global. Desde o primeiro caso confirmado de infecção pelo SARS-CoV-2, essas técnicas e análises são responsáveis por um monitoramento ativo e contínuo da evolução epidemiológica na população humana. Essas projeções dependem diretamente da vigilância epidemiológica e clínica com dados reais de casos confirmados e genomas sequenciados. Em especial, no caso do SARS-CoV-2 o surgimento e disseminação das chamadas "variantes de preocupação" demandam uma vigilância ativa, principalmente em áreas de alta densidade populacional como é o caso do município de São Paulo. Diferentes análises tem demonstrado que essas variantes podem ter maior transmissibilidade, virulência e letalidade do que a linhagem original do SARS-CoV-2. Por exemplo, para a variante Gamma, identificada originalmente no Amazonas, há dados e simulações que sugerem que sua transmissibilidade seja mais do que duas vezes maior e com maior possibilidade de reinfecção, resultando em uma demanda hospitalar sem precedentes como a ocorrida em Manaus. Além dessa, outras variantes que possam surgir ou serem recebidas em municípios como São Paulo podem ser disseminadas para todo o território brasileiro facilmente. Por meio da genotipagem e sequenciamento de amostras representativas distribuídas pelas Coordenadorias Regionais de Saúde do município de São Paulo é possível georreferenciar os casos construindo mapas de calor para identificar os padrões espaciais de emergência, fazendo um acompanhamento em tempo real dos dados de vigilância epidemiológica e classificando-os em um banco de dados discriminado por regiões do município. Com a construção de modelos compartimentais e estruturados por idade é possível utilizar modelos matemáticos de disseminação de doenças infecciosas que levem em conta a demografia, os padrões sociais de contato e a mobilidade humana para simular o comportamento espaço-temporal futuro das variantes de preocupação. A análise de séries temporais e projeções por meio desses dados servem para nortear ações em saúde pública, sendo possível desenvolver um sistema robusto de coleta, análise e vigilância epidemiológica. (AU)