Desenvolvimento de uma pipeline para análise do perfil de expressão gênica de transcritos

• Processo: 22/07085-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Mariana Camargo Maschietto
• Beneficiário: Julia de Pietro Bigi
• Instituição Sede: Centro Infantil de Investigações Hematológicas Dr Domingos A Boldrini (CIB). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Expressão gênica Expressão gênica diferencial Redes de interação gênica Transcriptoma Anotação de sequência molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | expressão diferencial | Redes de interação genica | Transcriptoma | Biologia Molecular do Câncer e Bioinformática

Resumo

Moléculas de DNA guardam em sua composição informações genéticas sobre os organismos. Expressão gênica é o processo pelo qual trechos do DNA são transcritos nos diversos tipos de RNA, codificantes ou não-codificantes, sendo que os codificantes são traduzidos em proteínas, impactando no fenótipo e função das células. A observação deste processo em condições diferentes é relevante, por exemplo, para identificar mecanismos associados a doenças como as vias de sinalização celular, possíveis biomarcadores que possam ser usados para diagnóstico ou alvos terapêuticos. O avanço das técnicas de sequenciamento e bioinformática tornou viável a análise de um grande número de transcritos simultaneamente. Dessa forma, o objetivo principal deste projeto é desenvolver uma pipeline reprodutível de análise do perfil de expressão gênica de transcritos. Esta pipeline contempla a contabilização de níveis de expressão em cada amostra, anotação dos transcritos, suas vias celulares e metabólicas, redes de co-expressão gênica e análise de componentes principais. Cada estágio desta metodologia será realizado por softwares ou pacotes de bioinformática. Para a anotação dos transcritos, DAVID e Annocript foram escolhidos para a comparação. No caso da análise de expressão diferencial, selecionou-se os softwares DESeq2 e edgeR. Por sua vez, na construção de redes, serão usados os pacotes GWENA e WGCNA. Por fim, na análise de componentes principais, optou-se pelos softwares GEPHI e plotPCA. Os diversos programas serão validados usando dados obtidos de repositórios públicos e/ou dados internos do Centro de Infantil Boldrini já analisados na literatura, incluindo 35 amostras de osteossarcoma. Aquelas ferramentas que obtiverem os melhores resultados, quando comparados aos da literatura já existente, serão incorporadas na pipeline definitiva. (AU)