CitrusKB: Uma base de conhecimento abrangente para transcriptoma e interactoma de Citrus spp. infectados por Xanthomonas citri subsp. citri em diferentes estágios de infecção

• Processo: 20/11836-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Jesus Aparecido Ferro
• Beneficiário: Jesus Aparecido Ferro
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: Jaboticabal
• Assunto(s): Cancro (doença de planta) Expressão gênica diferencial
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: citrus canker | Citrus spp | Differential gene expression | Plant-pathogen interaction | transcriptome sequencing | web-based interface | Expressão gênica diferencial

Resumo

O cancro cítrico tipo A é uma doença grave causada por Xanthomonas citri subsp. citri (X. citri), responsável por grandes prejuízos aos produtores e à citricultura em todo o mundo. Até o momento, não há genótipos de citros resistentes ao cancro e as informações sobre os mecanismos moleculares e genéticos envolvidos nas fases iniciais do desenvolvimento do cancro cítrico são limitadas. Neste trabalho, apresentamos a base de conhecimento CitrusKB, composto pelo transcriptoma de interação in vivo de Citrus. Este é o primeiro banco de dados de interactoma in vivo para diferentes cultivares de citros e foi produzido para fornecer uma fonte valiosa de informações sobre citros e sua interação com a bactéria X. citri, agente causal do cancro cítrico. O banco de dados fornece ferramentas para uma interface web de fácil utilização para pesquisar e analisar uma grande quantidade de informações sobre oito cultivares de citros com distintos níveis de suscetibilidade à doença e sua interação, em diferentes estágios de infecção, com a bactéria do cancro cítrico X. citri. Atualmente, CitrusKB compreende um genoma cítrico de referência e seu transcriptoma, transcritos expressos, pseudogenes e variações genômicas previstas (SNPs e SSRs). O processo de atualização continuará incorporando anotações e ferramentas de análise. Esperamos que CitrusKB possa contribuir substancialmente para a área de genômica de citros. CitrusKB está acessível em http://bioinfo.deinfo.uepg.br/citrus. Os usuários podem baixar do sítio do CitrusKB todas as sequências brutas e conjuntos de dados gerados por este estudo.Palavras-chave: Citrus spp.; interação planta-patógeno; cancro cítrico; sequenciamento do transcriptoma; expressão diferencial de genes; interface baseada na web. (AU)