Análise de redes de co-expressão gênica da cana-de-açucar após infecção por micro-organismos

• Processo: 22/09736-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2022
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Priscila Corrêa Antonello
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Conectividade funcional Sistemas complexos Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análise de topologia de redes | conectividade funcional | interação planta-microorganismos | Sistemas Complexos | Transcriptoma | Redes de co-expressão gênica

Resumo

Os sistemas complexos são constituídos por uma grande quantidade de elementos cujas interações são definidas por regras dinâmicas. Para estudar esses sistemas é necessário entender as propriedades intrínsecas de seus componentes, bem como seu papel e a sua evolução ao longo do tempo, dando origem às estruturas internas e especificidades do sistema. Outras questões importantes são a compreensão da natureza das interações entre os componentes, geralmente definida como sendo não linear, a relação entre estrutura e função e a influência de ruídos e de perturbações externas. Dentro desse contexto, a expressão gênica pode constituir um sistema complexo dentro das células. Uma maneira de estudar os sistemas complexos é usar teoria de redes. Uma rede é definida por um sistema de nós cujas interações são representadas por conexões. Muitos sistemas biológicos, quando figurados graficamente, são definidos matematicamente por uma série de nós (N) conectados por arestas (A) para representar os elementos da rede G(N,A). Os padrões de conexão entre os elementos caracterizam a topologia da rede. Nosso objetivo é construir redes de co-expressão gênica onde os nós representam genes expressos e as arestas a co-expressão desses genes, de forma que o estudo da topologia da rede possa ajudar a elucidar mecanismos moleculares de resposta da cana-de-açúcar a infecção por micro-organismos.