Uma Abordagem de Múltipla Resolução para o Polimorfismo de Agregados Lipopolissacarídicos Induzido por Cations

• Processo: 22/13855-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Thereza Amélia Soares da Silva
• Beneficiário: Daniel Lucas Zago Caetano
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/04283-3 - Uma abordagem de múltipla resolução para o polimorfismo de agregados lipopolissacarídicos induzido por metais, AP.R
• Assunto(s): Desenvolvimento de software Membranas bacterianas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Curvatura em superficies | Desenvolvimento de Software | Matéria Macia | Membranas bacterianas | Membranas Biológicas | propriedades biomecânicas | Biofísica Computacional

Resumo

Neste projeto e proposto a implementac'ao e validac'ao de um algoritmo para o calculo de propriedades elasticas a partir de simulac'oes de dinamica molecular de materiais macios, com enfase em membranas bacterianas. O algoritmo proposto e fundamentado no metodo descrito por Waheed and Edholm1 para o calculo de constantes elasticas, e sera implementado como parte do programa do SuAVE (Surface Assessment Via grid Evaluation),2 o qual e desenvolvido em nosso grupo de pesquisa. O programa SuAVE permite calcular propriedades geometricas em interfaces quimicas considerando a morfologia do agregado lipidico (e.g. lamelas, vesiculas, bicelas). O conjunto de rotinas numericas esta fundamentado no ajuste de superficies atraves de uso da geometria diferencial e computacional, e do calculo numerico. O SuAVE foi desenvolvido para tratar qualquer interface quimica (organica, inorganica ou biologica) exibindo superficies planas ou curvadas, e permite o calculo, de forma eficientemente e simples, de uma serie de propriedades relevantes para sistemas de materia macia: area e volume por molecula, espessura de membranas e vesiculas, raio de giro e forma de vesiculas e micelas, perfis de densidade, parametros de ordem de curvatura, e curvaturas Gaussianas. Mais informac'oes sobre o programa podem ser encontradas em nosso website (www.biomatsite.net/suave-software)