Distância de rearranjo em genomas não balanceados considerando regiões intergênicas

• Processo: 22/13555-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2023
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: Zanoni Dias
• Beneficiário: Gabriel Henriques Siqueira
• Supervisor: Guillaume Fertin
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Université de Nantes, França
• Vinculado à bolsa: 21/13824-8 - Generalizações de problemas envolvendo partição de strings, BP.DR
• Assunto(s): Algoritmos de aproximação Transposição Problema computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos de Aproximação | partição de strings | Reversão | Transposição | Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação

Resumo

Problemas de distância de rearranjo são problemas computacionais inspirados pela biologia que tiveram muitas variações estudadas no decorrer dos anos. Esses problemas consistem em encontrar uma sequência mínima de eventos de rearranjo, mutações em larga escala, necessárias para transformar um genoma em outro. Originalmente, problemas de distância de rearranjo consideravam apenas a sequência de genes e assumiam que cada gene tinha apenas uma cópia no genoma. Estudos mais recentes tem incorporado informações a respeito das regiões intergênicas, estruturas presentes entre genes e nas extremidades do genoma, e começaram a assumir que genes podem ter múltiplas cópias. Este projeto foca em distâncias de rearranjo que consideram dois eventos de rearranjo, a reversão, que inverte uma sequência de genes, e a transposição, que troca duas sequências adjacentes de genes. Nosso estudo irá focar em uma representação dos genomas que permite múltiplas cópias de cada gene e inclui informação sobre as regiões intergênicas. Nós consideramos uma representação onde cada região intergênica é representada pela quantidade de nucleotídeos presentes nela, e uma representação mais flexível onde o número de nucleotídeos na região intergênica deve pertencer a um intervalo. A representação mais flexível considera alterações causadas por mutação locais e error no sequenciamento dos genomas. (AU)