CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA E GENOTÍPICA DE Flavobacterium spp. ISOLADAS DE PEIXES DE PRODUÇÃO NO BRASIL

• Processo: 22/15248-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Fabiana Pilarski
• Beneficiário: Daniel de Abreu Reis Ferreira
• Instituição Sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Genética microbiana Tilápia-do-Nilo Virulência Epidemiologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Flavobacterium columnare | Genética microbiana | Tilápia-do-nilo | Virulência | Wgs | Epidemiologia

Resumo

Flavobacterium columnare agente etiológico causador da columnariose em peixes de água doce, é uma bactéria fastidiosa, com a morfologia de bacilo longo gram negativo, o agente tem sua distribuição cosmopolita afetando as mais diversas espécies de peixes, tanto em populações naturais, como em sistemas de aquicultura, ocasionando incontáveis perdas econômicas para o setor. Devido a sua alta distribuição é observada diversidade genética, entre isolados de diferentes localidades e hospedeiros. Métodos baseados em análises filogenéticas possibilitam a classificação de isolados em quatro grupos genéticos (GGs). O GG4 está restrito em sua distribuição a Ásia e América latina, representando um possível histórico de fluxo da cadeia da tilapicultura em seus estágios iniciais. Portanto o objetivo deste estudo utilizará o sequenciamento genômico da cepa DV001, que apresentou notável distância de similaridade de nucleotídeos, comparado aos demais isolados do GG4 ao analisar fragmento de 1,3Kb do gene 16S. A cepa foi isolada pelo grupo de pesquisa em 2018 e identificada como agente causadora de surto em tilapicultura comercial no estado de São Paulo, será realizada a amplificação de seis genes estruturais e a realização de analises filogenética por inferência Bayesiana. Estas informações aliadas a análises computacionais, baseadas no sequenciamento do genoma da cepa, possibilitarão a observação de OGRIs (overall genome related índices), especialmente ddDNA, conteúdo G+C e ANI, índices incorporados para o delineamento de espécies, em relação à genomas depositados no GenBank, os valores obtidos serão utilizados para prospectar, se o nível de distinção da cepa ou do GG4, necessitam de reclassificação taxonômica, utilizando estas informações em conjunto a características fenotípicas e comparação com dados da literatura, que servirão para fechar lacunas sobre a epidemiologia de uma das bactérias mais incidentes no setor aquícola, fornecendo um entendimento mais robusto sobre o status genético da espécie.