Redes de co-expressão gênica do tecido hepático associadas a fenótipos de qualidade da carne e carcaça em bovinos da raça nelore

• Processo: 23/08402-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Thaís Ribeiro da Silva
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 19/04089-2 - O Hologenoma de Nelore: implicações na qualidade de carne e em eficiência alimentar, AP.ESCIENCE.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 23/15881-4 - Redes de coexpressão gênica e variantes de regiões regulatórias do tecido hepático associadas a fenótipos de qualidade de carne e carcaça em bovinos nellore, BE.EP.MS
• Assunto(s): Fígado Transcriptoma Biotecnologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: fígado | Transcriptoma | Wgcna | Biotecnologia

Resumo

No Brasil, a pecuária de corte é baseada principalmente em animais zebuínos puros e mestiços, o que torna a raça importante no mercado mundial de carne bovina. A análise de transcriptoma e WGCNA (Weighted correlation network analysis) são métodos importantes para a construção de redes de expressão gênica associadas a características fenotípicas para propor novos genes de interesse para estudos posteriores. Dessa forma, fica mais fácil elucidar as vias biológicas compartilhadas subjacentes a essas características, bem como os principais reguladores envolvidos. O objetivo desse projeto é construir redes de co-expressão dos genes expressos no fígado de bovinos da raça Nelore utilizando o WGCNA e identificar possíveis genes candidatos e vias metabólicas que regulam os fenótipos de qualidade da carne e carcaça: (Força de cisalhamento (FC) aos 0, 7 e 14 dias, Área de olho de lombo (AOL), pH, Cor aos 0,7 e 14 dias, Perda Por Cocção (PPC) aos 0, 7 e 14 dias, Espessura de Gordura Subcutânea (EGS), Ganho de Peso Final (GPFIN), Gordura renal, pélvica e inguinal em Kg (GRPIK) e Gordura renal, pélvica e inguinal expressa em % do peso de carcaça quente (GRPIPer)). Amostras de tecido hepático foram coletadas de 90 animais para sequenciamento de RNA. Os dados de sequenciamento foram alinhados ao genoma de referência e os dados de expressão foram normalizados para log2-CPM. A análise será realizada utilizando o pacote R WGCNA versão 1.72-1. Uma análise de enriquecimento será feita usando o DAVID versão 2021, para verificar os módulos enriquecidos significativamente e, com isso, verificar quais vias e processos metabólicos esses genes estão envolvidos. Assim, identificando possíveis genes candidatos associados aos fenótipos de qualidade de carne e carcaça.