Análise aprofundada da localização de origens de replicação e do componente putativo do complexo de reconhecimento de origem Orc1b no genoma de Trypanosoma cruzi

• Processo: 23/03260-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Maria Carolina Quartim Barbosa Elias Sabbaga
• Beneficiário: Ruana de Paula Freitas
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/00694-6 - Como o processo de replicação do DNA contribui para o sucesso da infecção causada por Trypanosoma cruzi, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Trypanosoma cruzi Variação genética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformática | biologia computacional | Origens de replicação | replicação de DNA | TcOrc1b | TcOrc1Cdc6 | Trypanosoma cruzi | Variabilidade Genética | Replicação do DNA de Trypanosoma cruzi

Resumo

A replicação do DNA é indispensável para a duplicação celular, e por isso é um processo complexo e rigidamente controlado. Problemas no processo de replicação do DNA podem levar a eventos de mutação, recombinação e amplificação ou deleção de genes. A replicação inicia-se em regiões genômicas denominadas origens de replicação que são reconhecidas em eucariontes pelo heterohexâmero Origin Recognition Complex (ORC). De acordo com sua frequência de ativação, as origens são classificadas em constitutivas, flexíveis e dormentes. As três classes de origens foram identificadas pelo nosso grupo em Trypanosoma cruzi e quatro dos seis componentes de ORC também já foram descritos em Trypanosoma. Um quinto componente, Orc1b, foi identificado interagindo com o ORC, mas não durante todo o ciclo celular, deixando em aberto se (i) Orc1b faz parte do complexo ORC e (ii) qual o seu papel no processo de replicação do DNA. Diferentes cepas de T. cruzi possuem variações entre a sua composição gênica, sequências repetitivas e famílias multigênicas, que desempenham importante papel no processo de infecção do hospedeiro. Como o processo de replicação do DNA pode causar variabilidade genética e alterações genômicas, nosso grupo busca investigar como a replicação do DNA contribui com as alterações genômicas neste parasita. O primeiro objetivo deste trabalho é aprofundar os conhecimentos prévios da localização de diferentes classes de origens nas diferentes regiões genômicas. A partir da análise de dados previamente gerados através das técnicas de MFA-seq, ChIP-seq e D-NAscent, pretendemos avaliar a localização das origens nos diferentes cromossomos e se as origens de replicação localizam-se em regiões genômicas conservadas ou de rápida evolução. Como dados prévios de nosso grupo identificaram origens de replicação dentro de regiões abertas de leitura, pretendemos ainda avaliar se estas regiões são genes ou pseudogenes. O segundo objetivo deste trabalho é investigar o possível componente de ORC, Orc1b, a fim de avaliar a co-localização deste com o componente de ORC Orc1Cdc6 no genoma e a sua distribuição nas diferentes classes de origens.