Avançando na classificação de tumores germinativos pediátricos através do sequenciamento Nanopore

• Processo: 23/15715-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Mariana Tomazini Pinto
• Beneficiário: Ana Flávia Souza Péres
• Supervisor: Jeremy Wang
• Instituição Sede: Hospital do Câncer de Barretos. Fundação Pio XII (FP). Barretos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of North Carolina at Chapel Hill (UNC), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 22/07041-3 - Análise da viabilidade do sequenciamento por nanoporos para classificação de tumores de células germinativas pediátricos, BP.DD
• Assunto(s): Biomarcadores Aprendizado computacional Pediatria
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biomarkers | Germ Cell Tumors | machine learning | nanopore | Sequencing | Pediatria

Resumo

Os tumores de células germinativas (TCGs) pediátricos são raros e representam 3,3% dos tumores malignos. Eles são caracterizados como neoplasias benignas ou malignas e podem ocorrer em sítios gonadais ou extragonadais. São classificados histologicamente como seminoma, disgerminoma, seio endodérmico, carcinoma embrionário, coriocarcinoma, tumores mistos, teratoma maduro e imaturo. Pelo fato de serem heterogêneos, é difícil generalizar o comportamento desses tumores. Devido a raridade dos TCGs pediátricos, a maioria dos estudos são realizados em pacientes adultos, havendo uma escassez de informação em pacientes pediátricos. O diagnóstico dos TCGs é realizado com o auxílio de imagens radiológicas e marcadores tumorais, sendo os principais marcadores a alfa-fetoproteína e a fração beta da gonadotrofina coriônica humana. Entretanto, não são marcadores específicos e apresentam limitações quanto à sensibilidade. Dessa forma, é necessário a investigação de biomarcadores específicos que possam auxiliar no diagnóstico dos pacientes com TCGs e a busca pela medicina de precisão. As plataformas de sequenciamento têm sido muito utilizadas para esse fim, e isso inclui a Oxford Nanopore Technologies. Dessa forma, o objetivo deste estudo é analisar a viabilidade do sequenciamento por nanoporos para classificação dos TCGs pediátricos em seus respectivos tipos histológicos. Para tanto, o RNA de pacientes pediátricos com TCGs será extraído e utilizado para análise de expressão gênica utilizando a plataforma Nanopore. Em seguida, serão desenvolvidos algoritmos de machine learning para classificação dos TCGs de acordo com a histologia em parceria com a equipe do Saint Jude Children's Research Hospital e University of North Carolina. A classificação dos tumores através do sequenciamento por nanoporos possibilitará um diagnóstico precoce e assertivo, bem como poderá conduzir a tratamentos personalizados/direcionados aos genes alterados, trazendo melhorias para o manejo clínico do paciente.