Identificação de lncRNAs com papel na progressão do Melanoma e na resistência a imunoterapia

• Processo: 23/17737-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2028
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Miriam Galvonas Jasiulionis
• Beneficiário: Beatriz Cristina Biz Tonin
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 22/00322-7 - Identificação e caracterização de ncRNAs com papel na plasticidade fenotípica do Melanoma, AP.R
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/05877-5 - Explorando a resistência a imunoterapia mediada por lncRNA em melanoma através de análise espacial, BE.EP.DD
• Assunto(s): Biologia tumoral Melanoma RNA longo não codificante Regulação da expressão gênica Imunoterapia lncRNAs
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Imunoterapias | LncRNA | melanoma | Regulação gênica | Biologia do Cancer

Resumo

Long non-coding RNAs (lncRNAs) são RNAs longos que pertencem à classe de RNAs que não codificam proteínas (ncRNAs). Estima-se que 70 a 90% do genoma humano seja transcrito em ncRNAs. Estudos já demonstraram a importância dos ncRNAs na modulação da expressão dos genes, podendo ser considerados importante peça da maquinaria epigenética. O melanoma é responsável por cerca de 80% de todas as mortes relacionadas com neoplasias de pele. Isto se deve ao seu alto potencial de metastático e de desenvolvimento de resistência aos tratamentos. O conhecimento acerca do papel de lncRNAs na progressão do melanoma e na resistência terapêutica e ainda bastante incompleto. Nosso laboratório desenvolveu um modelo de progressão linear do melanoma a partir da linhagem murina de melanócitos não tumorigênicos, melan-a, a qual foi submetida a vários ciclos de desadesão e readesão, resultando na transformação maligna e originando linhagens celulares progressivamente mais agressivas. Com este modelo podemos estudar o melanoma em vários estágios de sua progressão, desde células não tumorigênicas (melan-a) a células com alto potencial metastático (4C11+). Para esse trabalho, utilizamos quatro linhagens celulares, melan-a, 4C, 4C11- e 4C11+, as quais foram analisadas por RNA-seq quanto ao perfil de expressão de mRNA e lncRNAs e serão submetidas à análise ponderada de redes de coexpressão (WCGNA). Uma análise preliminar in sílico, cujo objetivo foi identificar lncRNAs próximos a genes humanos com valor prognóstico, definiu como alvo de estudo o lncRNA Slamon, que tem a expressão aumentada na linhagem 4C11+. Após estudo in vitro, foi confirmada sua relação com o gene vizinho Slc25a13, sendo que a expressão de Slamon atenua os efeitos causados por esse gene, alterando padrões de migração, clonogenicidade, proliferação, resistência ao anoikis e sensibilidade a drogas. Adicionalmente, observou-se que tanto Slamon, quanto Slc25a13 são alvos de metilação de DNA. Esses resultados abriram margem para que o mecanismo de ação dessa rede de interação seja estudado. O projeto tem como objetivo identificar novos lncRNAs relevantes na progressão do melanoma, usando três abordagens distintas. A primeira tem como foco os mecanismos de regulação e ação dos genes Slamon e Slc25a13. A segunda envolve a análise de lncRNAs por WGCNA, visando identificar lncRNAs que atuam como nós de redes regulatórias de expressão gênica para compreender seu papel na expressão e comportamento das células de melanoma. Na terceira parte, analisaremos lncRNAs associados à resistência a imunoterapias (anti-PD1) por meio de análise espacial de lncRNAs diferencialmente expressos em amostras de melanomas resistentes e não resistentes a anti-PD1, tanto no tumor, quanto em células imunes e do estroma. Esses achados podem revelar lncRNAs cruciais na biologia do melanoma, indicando potenciais biomarcadores de prognóstico e alvos terapêuticos. (AU)