Em busca da compreensão da evolução do genoma das plantas: Caracterização do repeteoma do gênero Cereus (Cereeae, Cactaceae) utilizando dados de ressequenciamento do genoma completo e ferramentas de bioinformática

• Processo: 24/08069-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2025
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Fernando de Faria Franco
• Beneficiário: Ahmed Abdelhafiz Alshikh Abdalla
• Instituição Sede: Centro de Ciências Humanas e Biológicas (CCHB). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/15161-3 - Adaptação durante transições biogeográficas do Cerrado para a Caatinga: paralelismo evolutivo e idiossincrasias em linhagens independentes do gênero Cereus (Cactaceae), AP.BTA.R
• Assunto(s): Evolução molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: molecular evolution | Genética Vegetal

Resumo

Dados de genoma completo são um recurso poderoso para estudos evolutivos em espécies de plantas modelo e não-modelo, elucidando os processos subjacentes à diversificação das espécies e à organização do genoma. Esses conjuntos de dados permitem abordagens analíticas diversas usando ferramentas bioinformáticas, eliminando a necessidade de despesas adicionais relacionadas ao sequenciamento de dados. O objetivo deste projeto de pesquisa de pós-doutorado é reutilizar dados existentes de re-sequenciamento de genoma completo (WGRS) do projeto FAPESP 2020/15161-3 para caracterizar o repetoma de sete espécies do gênero Cereus (Cereeae, Cactaceae): C. jamacaru, C. calcirupicola, C. pierrebrauniannus, C. albicaulis, C. mirabella, C. hildmaniannus e C. fernambucensis. Resumidamente, o repetoma compreende sequências de DNA repetitivas, principalmente DNAs satélites e elementos transponíveis (TEs), dentro do genoma de um organismo. Compreender a composição e a estrutura do repetoma é crucial para investigar a evolução do genoma, a diversidade genética e a genômica funcional. Neste estudo, o pesquisador de pós-doutorado irá montar dados de WGR usando o genoma de referência de C. jamacaru. Software como o Repeat Explorer 2 será utilizado para anotar elementos repetitivos. Os TEs serão categorizados por família e sua composição será comparada entre as espécies. Elementos repetitivos organizados em tandem com alta probabilidade de pertencerem a famílias de DNA satélite serão identificados, caracterizados e comparados entre as espécies. Há evidências crescentes de que as condições ambientais influenciam a quantidade de DNA repetitivo. Portanto, os resultados deste projeto serão integrados com outros recursos genômicos e levantamentos de dados ambientais conduzidos pelo nosso grupo de pesquisa para compreender as pressões seletivas que impulsionam a evolução do nicho durante transições geográficas, alinhando-se ao objetivo principal do projeto FAPESP 2020/15161-3