Análises Filogenéticas Multilocos aplicadas ao entendimento de relações evolutivas entre espécies de Cereus (Cactaceae; Cereeae)

• Processo: 14/25227-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Fernando de Faria Franco
• Beneficiário: Fernando de Faria Franco
• Instituição Sede: Centro de Ciências Humanas e Biológicas (CCHB). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Daniela Cristina Zappi ; Evandro Marsola de Moraes
• Auxílio(s) vinculado(s): 17/11939-7 - The xeric side of the Brazilian Atlantic Forest: the forces shaping phylogeographic structure of cacti, PUB.ART
• Assunto(s): Filogenia Biogeografia Cactaceae Sequenciamento de nova geração
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análises Multilocos | Biogeografia | Cactaceae | Datação molecular | Filogenia | Next Generation Sequencing | Ecologia Molecular, Análises Filogenéticas

Resumo

No presente projeto pretende-se isolar marcadores nucleares genealógicos para realização de análises filogenéticas e biogeográficas com espécies do gênero Cereus (Cactaceae; Cereeae). A estratégia para a coleta dos dados envolve a preparação de bibliotecas genômicas reduzidas por RadSeq de indivíduos representativos das principais linhagens evolutivas de Cereus, associada ao seqüenciamento massivo dessas bibliotecas na plataforma Illumina HiSeq2500. Posteriormente, para a obtenção de marcadores genealógicos, haverá a montagem de contigs por Bioinformática utilizando o genoma parcial de um indivíduo como referência. O projeto será executado em duas fases, sendo que na primeira os dados primários gerados pelo sequenciamento serão usados para realização de análises filogenéticas com dados concatenados em uma "super matriz" (Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana) e por metodologias para inferência de Árvore de Espécies, em que é considerada a variação estocástica na amostragem das genealogias. Essas análises permitirão estabelecer as relações evolutivas entre as principais linhagens de Cereus. Na segunda etapa, serão confeccionados primers para seleção dos 10 locos mais informativos para ampliação da amostragem taxonômica de grupos internos e externos, via seqüenciamento Sanger. Essa ampliação permitirá refinar o entendimento das relações internas bem como possibilitará a calibração da filogenia e a realização de reconstruções biogeográficas. Neste contexto, os dados gerados nesse projeto deverão: 1) subsidiar revisões taxonômicas necessárias para o gênero Cereus; 2) testar hipóteses biogeográficas estabelecidas previamente para explicar a diversificação das principais linhagens desse gênero; 3) contribuir para o intenso debate sobre os fatores preponderantes para explicar a diversificação de grupos recentes na região Neotropical; 4) subsidiar futuros estudos evolutivos envolvendo espécies de Cereus tanto pelo isolamento de locos nucleares quanto pelo estabelecimento de uma filogenia robusta para esse grupo. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

KHAN, GULZAR; FRANCO, FERNANDO F.; SILVA, GISLAINE A. R.; BOMBONATO, JULIANA R.; MACHADO, MARLON; ALONSO, DIEGO P.; RIBOLLA, PAULO E. M.; ALBACH, DIRK C.; MORAES, EVANDRO M.. Maintaining genetic integrity with high promiscuity: Frequent hybridization with low introgression in multiple hybrid zones of Melocactus (Cactaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 142, JAN 2020. (14/26224-5, 14/25227-0)

BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES; DO AMARAL, DANILO TRABUCO; RODRIGUES SILVA, GISLAINE ANGELICA; KHAN, GULZAR; MORAES, EVANDRO M.; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; EATON, DEREN A. R.; ALONSO, DIEGO PERES; MARTINS RIBOLLA, PAULO EDUARDO; TAYLOR, NIGEL; et al. The potential of genome-wide RAD sequences for resolving rapid radiations: a case study in Cactaceae. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 151, OCT 2020. (18/03428-5, 14/25227-0)

BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES; SILVA BONATELLI, ISABEL APARECIDA; RODRIGUES SILVA, GISLAINE ANGELICA; MORAES, EVANDRO MARSOLA; ZAPPI, DANIELA CRISTINA; TAYLOR, NIGEL P.; FRANCO, FERNANDO FARIA. Cross-genera SSR transferability in cacti revealed by a case study using Cereus (Cereeae, Cactaceae). GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 42, n. 1, p. 87-94, JAN-MAR 2019. (14/25227-0)

AMARAL, DANILO TRABUCO; BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; MORAES, EVANDRO MARSOLA; FRANCO, FERNANDO FARIA. The genome of a thorny species: comparative genomic analysis among South and North American Cactaceae. PLANTA, v. 254, n. 3, SEP 2021. (14/25227-0, 18/03428-5)

ROMEIRO-BRITO, MONIQUE; KHAN, GULZAR; PEREZ, MANOLO F.; ZAPPI, DANIELA C.; TAYLOR, NIGEL P.; OLSTHOORN, GERARDUS; FRANCO, FERNANDO F.; MORAES, EVANDRO M.. Revisiting phylogeny, systematics, and biogeography of a Pleistocene radiation. AMERICAN JOURNAL OF BOTANY, v. 110, n. 3, p. 17-pg., 2023-03-07. (15/06160-5, 14/25227-0, 12/22943-1, 12/22477-0)

FRANCO, FERNANDO FARIA; SILVA, FELIPE ANDRE; KHAN, GULZAR; BONATELLI, ISABEL A. S.; AMARAL, DANILO TRABUCO; ZAPPI, DANIELA C.; TAYLOR, NIGEL P.; MORAES, EVANDRO MARSOLA. Generalizations of genetic conservation principles in islands are not always likely: a case study from a Neotropical insular cactus. Botanical Journal of the Linnean Society, v. 199, n. 1, p. 18-pg., 2021-12-18. (14/25227-0)