| Processo: | 14/25227-0 |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |
| Data de Início da vigência: | 01 de novembro de 2015 |
| Data de Término da vigência: | 30 de abril de 2018 |
| Área do conhecimento: | Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal |
| Pesquisador responsável: | Fernando de Faria Franco |
| Beneficiário: | Fernando de Faria Franco |
| Instituição Sede: | Centro de Ciências Humanas e Biológicas (CCHB). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil |
| Município da Instituição Sede: | Sorocaba |
| Pesquisadores associados: | Daniela Cristina Zappi ; Evandro Marsola de Moraes |
| Auxílio(s) vinculado(s): | 17/11939-7 - The xeric side of the Brazilian Atlantic Forest: the forces shaping phylogeographic structure of cacti, PUB.ART |
| Assunto(s): | Filogenia Biogeografia Cactaceae Sequenciamento de nova geração |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Análises Multilocos | Biogeografia | Cactaceae | Datação molecular | Filogenia | Next Generation Sequencing | Ecologia Molecular, Análises Filogenéticas |
Resumo
No presente projeto pretende-se isolar marcadores nucleares genealógicos para realização de análises filogenéticas e biogeográficas com espécies do gênero Cereus (Cactaceae; Cereeae). A estratégia para a coleta dos dados envolve a preparação de bibliotecas genômicas reduzidas por RadSeq de indivíduos representativos das principais linhagens evolutivas de Cereus, associada ao seqüenciamento massivo dessas bibliotecas na plataforma Illumina HiSeq2500. Posteriormente, para a obtenção de marcadores genealógicos, haverá a montagem de contigs por Bioinformática utilizando o genoma parcial de um indivíduo como referência. O projeto será executado em duas fases, sendo que na primeira os dados primários gerados pelo sequenciamento serão usados para realização de análises filogenéticas com dados concatenados em uma "super matriz" (Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana) e por metodologias para inferência de Árvore de Espécies, em que é considerada a variação estocástica na amostragem das genealogias. Essas análises permitirão estabelecer as relações evolutivas entre as principais linhagens de Cereus. Na segunda etapa, serão confeccionados primers para seleção dos 10 locos mais informativos para ampliação da amostragem taxonômica de grupos internos e externos, via seqüenciamento Sanger. Essa ampliação permitirá refinar o entendimento das relações internas bem como possibilitará a calibração da filogenia e a realização de reconstruções biogeográficas. Neste contexto, os dados gerados nesse projeto deverão: 1) subsidiar revisões taxonômicas necessárias para o gênero Cereus; 2) testar hipóteses biogeográficas estabelecidas previamente para explicar a diversificação das principais linhagens desse gênero; 3) contribuir para o intenso debate sobre os fatores preponderantes para explicar a diversificação de grupos recentes na região Neotropical; 4) subsidiar futuros estudos evolutivos envolvendo espécies de Cereus tanto pelo isolamento de locos nucleares quanto pelo estabelecimento de uma filogenia robusta para esse grupo. (AU)
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