Análise integrada da diversidade genômica e pangenoma de gêneros bacterianos presentes em dados metagenômicos

• Processo: 24/21751-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Mariana Louise Gabas
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
• Assunto(s): Biologia computacional Metagenômica Microbiota Biotecnologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | metagenômica | Microbioma | pangenoma | Biotecnologia

Resumo

Este projeto tem como objetivo fazer uma análise integrada da diversidade genômica e pangenoma de gêneros bacterianos presentes em dados metagenômicos do projeto MetaSUB. Para isso, utilizaremos a técnica de curvas de rarefação simuladas e estimadores não-paramétricos Chao1, Chao2, Jackknife, ICE, e ACE para estimar o número de espécies de gêneros-alvo presentes nos dados do projeto MetaSUB. Os gêneros que iremos estudar são Xanthomonas, Acinetobacter, Stutzerimonas, Stenotrophomonas, e Moraxella. Esses gêneros são relativamente abundantes nos dados do projeto MetaSUB, o que foi o fator determinante na sua escolha. Para cada gênero, faremos uma comparação da sua curva de rarefação com a curva de seu pangenoma, procurando compreender a relação entre a diversidade genômica e a diversidade gênica. Além disso, iremos desenvolver scripts que automatizarão grande parte das análises; estes scripts serão um produto deste projeto e poderão ser usados para estudar outros gêneros-alvo no próprio conjunto MetaSUB ou em outros dados metagenômicos.