Desenvolvimento do Método de Visualização de Relevo de Energia: Limites, Parametrização e Otimização

• Processo: 24/23443-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2025
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Carolina Tatiani Alves Ferreira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 22/07231-7 - Plasticidade e modulação funcional de proteínas intrinsecamente desordenadas, AP.TEM
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Dobramento de proteína Física biológica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | enovelamento de proteína | proteínas intrinsecamente desordenadas | Relevo de Energia | Física biológica

Resumo

O uso e a exploração do Energy Landscape Visualization Method(ELViM) são fundamentais para este projeto temático. Dois processos são essenciais para o ELViM: (1) a definição de uma métrica que quantifique as distâncias entre pares de conformações estruturais e (2) a representação de um ensamble de estruturas em um espaço multidimensional, com a projeção de tais estruturas para duas ou três dimensões. Do ponto de vista matemático, a redução multidimensional pode ser caracterizada como um problema mal posto. Nesse contexto, ambos os processos estão sujeitos a diversas variações, e o resultado ideal depende, em grande parte, do sistema em estudo. Nosso objetivo é desenvolver a otimização, parametrização e customização do método, que será disponibilizado como um servidor web.