MCLink: um pacote em R para análise genômica utilizando técnicas de Monte Carlo

• Processo: 25/17188-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Rodrigo Malavazi Corder
• Beneficiário: Kawan Santana
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Desequilíbrio de ligação Malária Método de Monte Carlo Plasmodium vivax Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Desequilíbrio de Ligação | malária | Monte Carlo | Pacote R | Plasmodium vivax | Single Nucleotide Polymorphisms | Análise Genômica

Resumo

O desequilíbrio de ligação (DL) é uma métrica fundamental para compreender a estrutura genética de populações e identificar associações genéticas. Entre os métodos disponíveis para sua quantificação, destaca-se o índice de correlação r², amplamente utilizado para medir a associação entre duas variantes genéticas, mas limitado por sua natureza simplificada, que não captura de forma abrangente a variabilidade do DL. Este projeto propõe o desenvolvimento de uma ferramenta computacional em R, baseada em técnicas de Monte Carlo, capaz de modelar essa variabilidade por meio de distribuições estatísticas, permitindo análises mais robustas, como comparações de variâncias e outras inferências. A ferramenta será apresentada em um pacote em linguagem R, otimizado para alto desempenho e usabilidade, e validado com dados genômicos de Plasmodium vivax, agente causador da malária, obtidos em colaboração com o Laboratório MOA (ICB-USP). A aplicação da ferramenta permitirá avaliar sua precisão, flexibilidade e eficiência na estimativa do DL, comparando populações reais com o padrão esperado para uma população panmítica. (AU)